Liječenje ciste na jetri obično ovisi o vrsti ciste, gdje se nalazi i o tome uzrokuje li probleme sa zdravljem pacijenta ili ne. Ako je cista jetre benigna i nema vidljiv učinak na zdravlje pacijenta, liječenje možda uopće nije potrebno. U drugim slučajevima, međutim, zdravstveni učinci ili veličina mogu zahtijevati liječenje, a liječnici mogu koristiti antibiotike, drenažu ili operaciju kao liječenje. U nekim slučajevima, liječnici mogu čak liječiti cistu jetre liječenjem temeljnog stanja koje ju je uzrokovalo.
Jedan od načina liječenja ciste jetre uključuje korištenje antibiotika. Ako se cista razvila zbog bakterijske infekcije, upotreba odgovarajućeg antibiotika za određenu vrstu bakterijske infekcije može se pokazati od pomoći. Duljina vremena koje će pacijent morati uzimati antibiotik za liječenje ciste jetre obično ovisi o vrsti infekcije i njezinoj ozbiljnosti. U nekim slučajevima, osoba će možda morati uzimati antibiotike mjesec dana ili više. U drugima, međutim, može biti dovoljno nekoliko dana uzimanja antibiotika.
Drenaža se ponekad koristi i za liječenje jednostavnih cista ispunjenih tekućinom. Liječnici, na primjer, mogu koristiti drenažu za ublažavanje pritiska koji cista uzrokuje. Međutim, drenaža nije uvijek najbolja opcija za liječenje ove vrste ciste, jer možda neće izliječiti stanje koje je uzrokovalo njen razvoj. Umjesto toga, pacijent može s vremenom razviti nove ciste jetre.
Kirurgija je još jedan mogući tretman za ciste jetre. Najčešće se koristi kada su ciste vrlo velike, uzrokuju preveliki pritisak ili pridonose drugim zdravstvenim problemima. Također se može koristiti kada ciste nisu uspjele dobro reagirati na druge vrste liječenja. Zanimljivo je da se sve ciste jetre ne liječe otvorenom operacijom; neki se liječe laparoskopskom operacijom, koja uključuje samo mali rez kroz koji se uklanja cista. Vrsta operacije koja se koristi obično ovisi o tome koliko je cista velika i dijelu jetre u kojem se nalazi.
Ponekad liječenje ciste jetre uključuje brigu o povezanom stanju koje je pridonijelo njezinu razvoju. Na primjer, liječnici mogu propisati lijekove za temeljno stanje, a ovaj tretman može pomoći i u liječenju ciste. Ponekad, međutim, liječenje cista na jetri može biti jednostavno kao i promjena prehrane.