Liječenje disfunkcije autonomnog živčanog sustava usmjereno je na prepoznavanje i upravljanje pojedinačnim simptomima, budući da je svaki pacijent različito pogođen. Neke od najčešćih metoda liječenja uključuju promjene u prehrani, modificiranje načina života i korištenje lijekova koji se izdaju bez recepta ili na recept. Psihološka terapija ili savjetovanje može biti indicirano u određenim situacijama. Neki teški oblici mogu zahtijevati kiruršku intervenciju. O svim specifičnim pitanjima ili nedoumicama u vezi s najprikladnijim metodama liječenja disfunkcije autonomnog živčanog sustava u pojedinoj situaciji treba razgovarati s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Ortostatska hipotenzija čest je simptom i opisuje medicinsku situaciju u kojoj krvni tlak dramatično pada kada stojite, često uzrokujući teške vrtoglavice. Iako se lijekovi na recept često koriste za liječenje ovog stanja, nekoliko promjena načina života također može pomoći. Pacijentima se često savjetuje da polagano stanu iz sjedećeg položaja i potiče se na manje, češće obroke.
Zatvor je čest problem među osobama s disfunkcijom autonomnog živčanog sustava. Ovo stanje se obično liječi prehranom bogatom vlaknima i upotrebom laksativa ili omekšivača stolice bez recepta. Anksioznost se može liječiti lijekovima na recept, savjetovanjem ili kombinacijom to dvoje. Kod muškaraca s ovim stanjem može se pojaviti erektilna disfunkcija i obično se liječi lijekovima na recept.
Smanjena sposobnost znojenja javlja se u velikog broja bolesnika s disfunkcijom autonomnog živčanog sustava. Izbjegavanje pretjerano toplih okruženja ili često tuširanje hladnom vodom može biti od pomoći osobama s ovim simptomom. Kapi za oči mogu se koristiti za liječenje suhih očiju, dok ledeni komadići ili tvrdi slatkiši mogu pomoći u održavanju podmazivanja usta. Pacijenti koji pokazuju probleme s gutanjem ili disanjem mogu zahtijevati kiruršku intervenciju za istezanje jednjaka ili otvaranje dišnih putova.
Problemi sa srcem mogu se pojaviti kao posljedica ovog poremećaja, ponekad postaju dovoljno ozbiljni da zahtijevaju kiruršku intervenciju. Lijekovi i promjene u prehrani mogu pomoći u kontroli visokog krvnog tlaka u većini slučajeva. Ako srčani zalisci ili druge cirkulacijske strukture ne funkcioniraju ispravno, ponekad je potreban kirurški popravak.
Različiti simptomi disfunkcije autonomnog živčanog sustava uvelike se razlikuju od jednog do drugog bolesnika i mogu se čak povremeno mijenjati za svakog pojedinog pacijenta. Pomno liječnički nadzor neophodan je za osobe s ovim poremećajem kako bi nadzorni liječnik mogao otkriti sve promjene ili razvoj komplikacija u najranijim fazama.