Učinci antibiotika na menstruaciju nisu potpuno sigurni, iako su u prošlosti provedena neka istraživanja u pokušaju da se utvrdi utječu li antibiotici na menstrualni ciklus. Mnoge žene koje uzimaju antibiotike ne primjećuju razlike u svojim menstrualnim ciklusima, dok su druge žene primijetile promjene za koje pretpostavljaju da su posljedica uzimanja antibiotika. Mogući učinci antibiotika na menstruaciju možda nisu povezani sa samim antibioticima, već s infekcijama koje se antibioticima liječe. Neke žene misle da antibiotici uzrokuju jače krvarenje, odgođen početak menstruacije i jače grčeve od uobičajenih, no ti problemi mogu biti uzrokovani infekcijama, osobito ako infekcije zahvaćaju ženski reproduktivni sustav.
Krajem 1940-ih, dva su britanska medicinska specijalista provela studiju o učincima penicilina, koji je vrsta antibiotika, na nekoliko žena kako bi vidjeli kako on utječe na njihove menstrualne cikluse, ako uopće. Njihovi nalazi bili su neuvjerljivi, iako je nekoliko žena koje su sudjelovale u istraživanju izvijestilo o nekim promjenama, uključujući jake grčeve i jače krvarenje od normalnog. Neke su žene primijetile i razlike u tome kada je menstruacija počela i koliko je dugo trajala. Iako su mnoge žene primijetile razlike, bilo je mnogo žena koje nisu, zbog čega studija nije otkrila puno o učincima antibiotika na menstruaciju.
Postoji nekoliko infekcija koje se javljaju u reproduktivnom sustavu za koje se mogu liječiti antibiotici, a te infekcije mogu uzrokovati promjene u menstruaciji. Neke stvari za koje se antibiotici povremeno koriste kod žena su vaginalne infekcije i infekcije maternice. Antibiotici se također povremeno propisuju za određene vrste gljivičnih infekcija. Žene koje primjećuju promjene u svojim menstrualnim ciklusima koje imaju infekcije unutar reproduktivnog sustava najvjerojatnije doživljavaju promjene zbog prirode svojih infekcija, a ne zbog samih antibiotika.
Iako su učinci antibiotika na menstruaciju više nego vjerojatno povezani s različitim vrstama infekcija, a ne s antibioticima, sve neobične promjene treba prijaviti liječniku. Uvijek postoji šansa da bi određeni antibiotici mogli uzrokovati promjene u tijelu koje bi mogle utjecati na menstrualni ciklus. Ako su promjene u ciklusu vrlo neobične i ozbiljne, liječnik bi mogao pomoći. Ako liječnik posumnja da antibiotici uzrokuju probleme s menstruacijom, vjerojatno će pokušati pronaći drugi antibiotik na koji njezina pacijentica možda nije toliko osjetljiva.