Obično se učinci metadona na bebe klasificiraju prema tome jesu li lijekovi korišteni u kratkom vremenskom razdoblju ili su bili kronično zlorabljeni. Kratkoročno, metadon kod beba može uzrokovati niz ozbiljnih zdravstvenih problema, poput sniženog krvnog tlaka i otkucaja srca. Nasuprot tome, dugotrajna zlouporaba metadona češće utječe na težinu i veličinu dojenčadi. U mnogim slučajevima, bebe rođene od majke koja je zlostavljala metadon često će patiti od metadonske apstinencije nakon rođenja. Studije sugeriraju, međutim, da se ovi simptomi mogu preokrenuti dojenjem.
U mnogim slučajevima, čak i jednokratna uporaba metadona može dovesti do vrlo ozbiljnih posljedica na nerođenu bebu. Neposredni učinci metadona na bebe mogu uključivati vrlo nizak krvni tlak; značajno smanjen broj otkucaja srca; suhoća u očima, ustima i nosu; povišen intrakranijalni tlak; i drugi slični simptomi. U većini slučajeva, ove nuspojave upotrebe metadona na bebe mogu biti opasne po život i zahtijevaju hitan medicinski tretman. Osim toga, žene koje koriste metadon čak i u kratkom vremenskom razdoblju mogu doživjeti pobačaj zbog upotrebe ovog lijeka.
Dugoročno, korištenje metadona kod beba može dovesti do jednako ozbiljnih stanja. Dugotrajna primjena metadona može rezultirati smanjenom stopom rasta dojenčeta, i visine i težine. Osim toga, bebe koje su rođene od majki s dugom poviješću korištenja metadona često imaju opseg glave koji je manji od normalnog. Na sreću, ti učinci nestaju kako dojenče stari i sazrijeva u djetinjstvu. Međutim, bebe rođene od žena koje zlostavljaju metadon općenito imaju znatno nižu mentalnu sposobnost od onih rođenih od majki koje ne koriste droge, a mogu imati niže rezultate u bihevioralnim i psihološkim testovima.
Bebe koje su bile izložene velikim količinama metadona također često razvijaju odvikavanje od metadona, inače poznato kao sindrom neonatalne apstinencije od opijata. Ovo je stanje koje utječe na brojne sustave u tijelu, uključujući dišni sustav i središnji i autonomni živčani sustav, između ostalih. Bebe koje su rođene s ovim stanjem imaju povećan rizik za razvoj sindroma iznenadne dojenčadi ili SIDS-a, u usporedbi s drugim, zdravijim bebama. Studije su međutim otkrile da se simptomi ovog stanja mogu ublažiti dojenjem od strane majke ili drugog surogata. U mnogim slučajevima, međutim, dojenje može biti teško ili čak nemoguće.