Progesteron, C-21 steroidni hormon koji se proizvodi u jajnicima, djeluje kao katalizator za početak ženine menstruacije, odnosno menstrualnog ciklusa. Učinak progesterona na menstruaciju dolazi od njegove inhibicije drugim hormonom, gonadotropin-oslobađajućim hormonom (GnRH). Prosječni menstrualni ciklus traje 28 dana, a oko drugog do trećeg tjedna ciklusa, koji se naziva lutealna faza, razina progesterona brzo raste u ženskom sustavu. Visoke razine progesterona prekrivaju endometrij u maternici u gostoljubivu sluznicu za implantaciju i razvoj embrija. Ako se implantacija ne dogodi, GnRH potiskuje progesteron putem negativne povratne sprege, a pad proizvodnje progesterona uzrokuje opadanje endometrija.
Učinak progesterona na menstruaciju uzrokuje normalno menstrualno krvarenje, odnosno krvarenje nakon povlačenja progesterona. Smanjenje progesterona na početku ženskog ciklusa potiče izbacivanje endometrija jer visoka razina progesterona smanjuje kontraktilnost mišića maternice. Kako razina pada, ako do oplodnje nije došlo, maternica se počinje grčiti jer progesteron ne inhibira njezinu kontrakciju. Ovo je dio istog mehanizma koji izaziva kontrakcije kada je žena spremna roditi bebu. Na kraju trudnoće, razina progesterona pada, što onda započinje trudovi.
Proizvodnja progesterona u jajnicima pokreće treći hormon povezan s menstruacijom, nazvan luteinizirajući hormon (LH). Učinak progesterona na menstruaciju počinje kada hipofiza počne proizvoditi LH, što uzrokuje porast progesterona tijekom lutealne faze. Tijekom ove faze, aktivirani LH pokreće oslobađanje jajašca iz folikula, što se naziva ovulacija. Pod kontinuiranim smjerom LH, folikul bez jajašca formira se u žuto tijelo, a žuto tijelo je specifični generator progesterona unutar jajnika. Ova struktura nastavlja proizvoditi progesteron sve dok razine nisu dovoljno visoke da inhibiraju GnRH, koji u skladu s negativnom povratnom spregom uzrokuje pad razine progesterona, izazivajući menstruaciju.
Zbog proučavanih učinaka progesterona na menstruaciju, kontracepcijske pilule (BCP) predstavljaju pouzdani oblik kontrole rađanja. Većina BCP sadrži progesteron ili tvari slične progesteronu koje reguliraju ženski ciklus i osiguravaju da se GnRH inhibira u pravo vrijeme kako bi se spriječio porast LH u sredini ciklusa, koji sprječava ovulaciju. Oplodnja i trudnoća su u ovoj situaciji nemogući jer iz folikula ne izlazi jajna stanica koja bi se mogla razviti u embrij.