Bolovi u mišićima i zglobovima mogu biti uzrokovani raznim stanjima. Istodobno doživljavanje ovih simptoma obično se pripisuje napadu gripe ili bilo koje druge uobičajene virusne ili bakterijske infekcije. Ozbiljnija medicinska stanja također mogu biti odgovorna za izazivanje bolova u mišićima i zglobovima kod pacijenata. To su sustavni eritematozni lupus (SLE), koji se obično naziva lupus, artritis, hipertireoza i fibromijalgija. Također, postoji nekoliko nepovezanih stanja od kojih osoba može patiti istovremeno, a koja mogu uzrokovati bolove u mišićima i zglobovima.
Gripa je jedno od najčešćih stanja povezanih s istovremenim bolovima u mišićima i zglobovima. U stvarnosti, sam virus gripe nije kriv za bolove povezane s gripom. Umjesto toga, proteini zvani interleukini, koje tijelo proizvodi za borbu protiv infekcije, odgovorni su za izazivanje bolova u mišićima i zglobovima kod osoba koje pate od infekcije gripom. Virus gripe nije jedina infekcija koja katalizira tijelo u proizvodnju interleukina. Bilo koja vrsta virusne ili bakterijske infekcije može uzrokovati da tijelo mobilizira interleukine u obrani, što rezultira bolovima u mišićima i zglobovima.
Drugi čest uzrok boli u mišićima i zglobovima je medicinsko stanje poznato kao lupus. Bolesnici s lupusom nemaju ispravno funkcionirajući imunološki sustav. Njihova tijela proizvode antitijela, koja su klasa proteina koje tijelo proizvodi kako bi spriječilo infekcije, čak i u odsutnosti bilo kakve virusne ili bakterijske prijetnje. Bez virusne ili bakterijske mete, ova antitijela počinju napadati normalna tjelesna tkiva, što rezultira bolovima u mišićima i zglobovima, kao i bezbroj drugih simptoma.
Osobito je uobičajeno da oni koji pate od reumatoidnog artritisa osjećaju bolove u zglobovima i mišićima. Reumatoidni artritis je autoimuni poremećaj kod kojeg zglobovi osobe postaju natečeni. Ova upala uzrokuje bolove u zglobovima, a oticanje zglobova često uzrokuje oticanje u susjednim mišićnim skupinama. Upala u mišićima uzrokuje bol u mišićima povezanu s ovim poremećajem.
Fibryomyalgia, odnosi se na dugotrajno stanje koje karakterizira ukočenost i bol u mišićima. Općenito, liječnici vjeruju da je ova bolest mišićno-koštani poremećaj koji rezultira osjetljivošću u mišićima. U većini slučajeva bol se širi na ostatak tijela, zbog čega oboljeli mogu prijaviti da osjećaju bol u zglobovima, kao i u mišićima. Osjetljivost mišića također može biti uzrokovana hipertireozom, stanjem u kojem štitnjača proizvodi prekomjernu količinu hormona. Ovi hormoni mogu oslabiti mišiće i povećati bol u zglobovima.
Postoji nekoliko medicinskih razloga za istodobno doživljavanje bolova u mišićima i zglobovima koji mogu biti potpuno nepovezani. Na primjer, osoba je možda ozlijedila svoj mišić i pati od boli povezane s ozljedom. Istodobno, ta ista osoba također može pati od bolova u zglobovima povezanih s zdravstvenim stanjem poznatim kao giht, koje uzrokuje bolnu upalu u zglobovima.