Svaka namjerna radnja koja se poduzima s namjerom samoozljeđivanja bez izvršenja samoubojstva, kao što je rezanje ili spaljivanje kože, smatra se samoozljeđivanjem. Iako mnogi različiti čimbenici mogu dovesti do namjernog samoozljeđivanja, mentalna bolest visoko je među uobičajenim uzrocima samoozljeđivanja. Drugi uzroci samoozljeđivanja mogu biti povezani s nečijim društvenim okruženjem, genetskom pozadinom ili drugim problemima koji se odnose na obiteljsku povijest. Različiti uzroci samoozljeđivanja također se odnose na visoku razinu stresa ili emocionalnu disocijaciju, što oboje može dovesti do sklonosti samoozljeđivanja. Oni koji sami sebi nanose štetu zbog stresa, nakon toga se osjećaju smireno i imaju kontrolu, dok se oni koji sami sebi štete zbog emocionalne distance i distanciranja osjećaju življima i povezanijima.
Mentalne bolesti, kao što su depresija i bipolarni poremećaj, česti su uzroci samoozljeđivanja, jer mogu dovesti do visoke razine stresa i do osjećaja disocijacije i emocionalne obamrlosti. Mnogi ljudi ne znaju kako se nositi s burnim emocionalnim stanjima koja često proizlaze iz psihičkih bolesti. U nekim slučajevima fizička bol pruža privremeno utočište od emocionalne boli, pa se ljudi samoozljeđuju u pokušaju da se odvrate od svojih turbulentnih emocionalnih stanja. Međutim, samoozljeđivanje može dovesti do daljnjeg emocionalnog nemira, budući da većina ljudi nema nedvosmisleno pozitivne osjećaje o samoozljeđivanju.
Neki uzroci samoozljeđivanja mogu proizaći i iz ekoloških problema, kao što je zlostavljanje od strane člana obitelji ili rat u blizini nečijeg doma. Točno kako takve različite situacije dovode do samoozljeđivanja razlikuje se od slučaja do slučaja. Roditeljsko zlostavljanje može, na primjer, uzrokovati da se netko osjeća neadekvatnim, pa se može ozlijediti zbog osjećaja samoprezira. Alternativno, život u ratom razorenom okruženju može čovjeka ostaviti emocionalno sirovim i razdvojenim, te se osjećati kao da nema kontrolu nad bilo čim. U takvom slučaju može se upustiti u samoozljeđivanje kako bi ponovno uspostavio neki osjećaj kontrole nad svojim životom i emocionalnim stanjem.
Postoje mnogi drugi uzroci samoozljeđivanja koji su samo slabo povezani s mentalnom bolešću ili okolišnim čimbenicima. Neki genetski uvjeti povezani su s povećanom autodestruktivnom tendencijom, na primjer. Isto tako, neki oblici zlouporabe supstanci, ovisnosti i simptoma odvikavanja mogu dovesti do razvoja sklonosti samoozljeđivanju.
U rijetkim slučajevima samoozljeđivanje može biti namjeran i proračunat čin. Netko može nauditi sebi kako bi skrenuo pozornost na temeljnu emocionalnu bol u nadi da će pronaći pomoć. Alternativno, može se koristiti samoozljeđivanje kako bi se manipuliralo postupcima drugih ljudi. Iako se takva manipulacija može činiti zlonamjernom, ona je sama po sebi često dokaz temeljne emocionalne patnje.