U usporedbi s drugim vrstama prijevoza, vlakovi su relativno sigurni, a smrtni slučajevi vlakova nisu česti. Međutim, oni se događaju, a najčešći razlog za takve smrtne slučajeve su neadekvatno projektirani prijelazi vlaka/autoceste. Ograničena vidljivost za strojovođu, ograničena vidljivost za operatera vlaka, neadekvatni sustavi upozorenja i ljudska pogreška uobičajeni su razlozi nesreća na takvim mjestima duž željezničkih pruga. Ostali uzroci smrtnih slučajeva uslijed željezničkih nesreća uključuju neispravnu opremu, pogrešku operatera, umor operatera ili neuspjeh vozača da popusti na prijelazima vlaka.
Prijelazi vlakova/autocesta prisutni su u cijelom svijetu i predstavljaju rizik za operatere vlakova i vozače automobila ako ova raskrižja nisu pravilno projektirana ili održavana. Na tim raskrižjima često se događaju smrtni slučajevi u vlaku, jer vozači možda nemaju odgovarajuću vidljivost na tim mjestima. Ako strojovođa ne vidi vlak koji dolazi, može pokušati prijeći raskrižje dok vlak dolazi. Na većini raskrižja vrata prelaze ceste kako bi spriječili vozače da prijeđu, ali neispravna oprema može utjecati na smrtne slučajeve vlakova na tim prijelazima. Neki vozači mogu napraviti pogrešku operatera pokušavajući “pobijediti” čuvare prijelaza, vozeći preko pruge brzo prije nego što se vrata spuste. To je opasno i može dovesti do sudara s nadolazećim vlakom.
Vrlo je teško zaustaviti vlak nakon što je povećao brzinu, stoga operateri vlaka moraju biti osposobljeni kako sigurno upravljati svim kočionim sustavima u slučaju da dođe do problema. Jedan od uobičajenih uzroka smrtnih slučajeva u vlaku je pogreška operatera u kojoj vlakovođa ne zaustavi ili uspori vlak pravilno, ili ne upozori nadolazeća vozila da će vlak proći. Na svakom raskrižju potrebni su posebni obrasci trubanja, a neuspjeh u izvođenju tih truba može dovesti do potencijalno smrtonosnih nesreća. Neusporavanje vlaka prije zavoja ili zavoja također može dovesti do iskakanja iz tračnica, što se događa kada jedan ili više vagona ili motora vlaka napuste tračnice.
Još jedna vještina koju operateri vlakova osposobljavaju za razvoj je pridržavanje ograničenja brzine i razumijevanje upravljanja vlakom. Brzina vlaka može varirati ovisno o terenu i upravljanju strojem, a vlak koji se kreće prebrzo duž pruge može iskočiti iz tračnica. Zaustavni put se također uvelike povećava kako se brzina vlaka povećava, što znači da će operater imati manje mogućnosti usporiti ili zaustaviti vlak u slučaju izvanredne situacije.