Najčešći uzrok izostanka menstruacije je trudnoća, ali postoji mnoštvo mogućih uzroka. Metode kontrole rađanja, dojenje i emocionalni stres također su neki od mogućih uzroka izostanka menstruacije. Trudnoća je najčešća kada je žena spolno aktivna i vjerojatno bi trebala biti prva stvar koju treba isključiti, ali rana trudnoća se možda neće registrirati na osnovnim testovima trudnoće. Posjet zdravstvenom stručnjaku općenito se preporuča kada žena doživi neobjašnjivi prekid u svom menstrualnom ciklusu.
Kada je menstruacija izostala, a žena je bila seksualno aktivna, trudnoća je obično prva i često točna pretpostavka. Moderni testovi za trudnoću obično su iznimno točni kada se pravilno poštuju upute i mogu otkriti trudnoću već pet dana prije izostanka menstruacije. Međutim, rano otkrivanje možda neće biti tako točno kao testovi na trudnoću nakon izostanka menstruacije.
Metode kontrole rađanja mogu rezultirati izostankom menstruacije iz nekoliko razloga. Promjena metoda kontrole rađanja ponekad može uzrokovati izostanak menstruacije jer se tijelo prilagođava novom obliku reguliranog ciklusa. Drugi oblici kontrole rađanja ili metode za korištenje određene vrste kontrole rađanja mogu namjerno potisnuti mjesečnice ili uzrokovati da se one događaju mnogo neredovitije nego bez regulacije.
Dojenje može spriječiti povratak mjesečnice sve dok žena ne prestane dojiti. Neke žene izvještavaju da nisu imale redovitu menstruaciju sve do odvajanja djeteta, ali mnoge žene počinju menstruaciju unutar tjedana ili mjeseci nakon rođenja djeteta. To je normalno, ali također znači da žena može ponovno zatrudnjeti. Ako je nedostatak plodnosti zbog dojenja korišten kao metoda kontrole rađanja, žena će se morati obratiti drugim metodama kako bi spriječila trudnoću.
Mnogi uzroci emocionalnog, mentalnog i fizičkog stresa mogu dovesti do izostanka menstruacije. Kada je tijelo pod velikim stresom, vjeruje se da to može poremetiti normalno funkcioniranje na način koji može uzrokovati izostanak menstruacije. Količina stresa koja je potrebna da izazove ovaj gubitak uobičajenog funkcioniranja može značajno varirati od osobe do osobe, a trajne razine stresa mogu dovesti do nedostatka razdoblja tijekom duljeg vremenskog razdoblja. Neki uobičajeni primjeri vrsta stresa koji mogu dovesti do izostanka menstruacije uključuju zahtjevno razdoblje u vezi s poslom, ozbiljno emocionalno opterećenje uzrokovano problemom u vezi ili smrt nekoga bliskog.