Kao i kod svake hrane koja je u biti čista mast, i dalje postoje zdravstveni problemi povezani s margarinom, pogotovo ako se jede u velikim količinama. Jedan od najvećih potencijalnih problema je povećani rizik od srčanih bolesti. Mnoge vrste sadrže visoke razine zasićenih masti i opasnih trans masti, za koje je poznato da snižavaju razinu dobrog kolesterola lipoproteina visoke gustoće (HDL) i povećavaju razinu štetnog tipa poznatog kao lipoprotein niske gustoće (LDL).
Nakon što je maslac postao povezan sa zdravstvenim rizicima kao što su bolesti srca zbog visoke razine zasićenih masti i kolesterola, mnogi su ljudi tražili alternativu. Često bi pojedinci prešli na margarin, koji često nema kolesterol i barem niže razine zasićenih masti od maslaca i često manje kalorija. Razlog zašto nema kolesterola je taj što se margarin proizvodi od očvrsnute biljne masti umjesto životinjskih izvora. Kako je vrijeme prolazilo, zdravstveni radnici počeli su primjećivati zdravstvene probleme kao što je povećan rizik od razvoja srčanih bolesti i kod osoba koje su konzumirale margarin.
Istraživači su otkrili da je rizik od srčanih bolesti povezan s margarinom posljedica prisutnosti trans masnih kiselina, također poznatih kao trans masti. Ove tvari nastaju u procesu skrućivanja biljnog ulja i povezane su s nekoliko zdravstvenih problema. Čvrsti štapići imaju puno veće razine transmasti od mekših namaza. Pokazalo se da trans masti imaju negativan učinak na razinu kolesterola, glavnog pokazatelja srčanih bolesti, iako margarin zapravo ne sadrži kolesterol. Trans masti snižavaju razinu dobrog HDL kolesterola i povećavaju količinu štetnog LDL kolesterola koji se nalazi u tijelu.
Drugi čimbenik koji doprinosi riziku od srčanih bolesti povezan s margarinom je količina zasićenih masti u mnogim markama. Iako ima manje zasićenih masnoća od maslaca, visoke razine mogu biti prisutne u nekim proizvodima od margarina. Količine ovih nezdravih tvari mogu uvelike varirati ovisno o proizvođaču. U pravilu je dobra ideja da potrošači traže proizvode s niskom razinom zasićenih masti i ne zaboravite ih koristiti umjereno.
Mnogi su proizvođači iz svojih proizvoda uklonili što je moguće više trans masti, a mnoge vrste margarina također se sada proizvode s nezasićenim mastima poput maslinovog ili ulja repice. Proizvodi sa smanjenim unosom zasićenih masti i bez transmasti manje su štetni od ostalih, ali ih ipak treba konzumirati samo umjereno. Konzumiranje velikih količina bilo koje masne hrane vjerojatno će povećati šanse za razvoj srčanih bolesti, ali ograničavanje konzumacije na male količine nezasićenih masti smanjuje taj rizik.