Primarni znakovi klamidije kod muškaraca su drugačiji od onih kod žena. Glavni simptomi uključuju bijeli ili možda zeleno obojeni iscjedak koji dolazi iz penisa, iritaciju tijekom mokrenja, a ponekad i opću iritaciju oko otvora penisa. Neki muškarci također smatraju da moraju mokriti češće nego inače dok boluju od klamidije. U većini slučajeva, ljudi koji boluju od klamidije nemaju nikakve simptome i mogu je prenijeti na druge, a da toga nisu ni svjesni.
U smislu klasifikacije, klamidija se smatra bakterijskom infekcijom. U tom smislu, vrlo je sličan gonoreji, još jednoj spolno prenosivoj bolesti. Iako ih uzrokuju različite vrste bakterija, općenito se smatra da su znakovi klamidije kod muškaraca i žena prilično slični znakovima gonoreje. Chlamydia trachomatis je pravi naziv određene vrste koja uzrokuje spolnu bolest, a postoje i drugi sojevi koji mogu uzrokovati bolesti kod životinja, pa čak i neku vrstu upale pluća.
Kao i mnoge bakterijske bolesti, klamidija se općenito liječi antibioticima. U većini slučajeva dovoljna je samo jedna tura antibiotika za uklanjanje infekcije. Kada se pojave znakovi klamidije kod muškaraca ili žena, liječenje općenito treba započeti odmah kako bi se pomoglo osobi da je izbjegne prenošenje na druge. U rijetkim slučajevima može biti potrebno više ciklusa antibiotika.
Postoje neke teške komplikacije koje se mogu razviti ako se zanemare znakovi klamidije kod muškaraca. Mnogi muškarci imaju probleme s testisima i uretrama. Neki od njih mogu imati problema s kroničnom upalom u tim regijama, što može dovesti do neplodnosti ili trajnih problema s mokrenjem. Drugi ozbiljan potencijalni problem je mogućnost da muškarci razviju stanje koje se zove reaktivni artritis. Ovo je privremeno stanje upale koje se može razbuktati nakon infekcije klamidijom, a ponekad čak može trajati ili više puta iskočiti.
Klamidija se općenito prenosi tijekom gotovo svake vrste spolnog kontakta, a stručnjaci sugeriraju da su kondomi najbolji način da se izbjegne zaraza. Također se općenito preporučuje da se nakon pojave znakova klamidije kod muškaraca ili žena, ljudi obično trebaju suzdržati od bilo kakvog spolnog kontakta dok se liječenje ne završi. Djelomično je to zato što zaista ne postoji metoda zaštite koja je općenito 100-postotna, a ponovna infekcija klamidijom često je vrlo česta, pa liječnici ne žele da pacijenti ugroze svoj napredak.