Jedan od glavnih znakova netolerancije na gluten kod djece je bol u trbuhu, koja često rezultira smanjenim apetitom i povraćanjem. Takvi simptomi često uzrokuju neuspjeh u rastu odgovarajućom brzinom. Osim toga, fizička nelagoda može dovesti do određenih problema u ponašanju, kao što su razdražljivost, umor i depresija. Simptomi netolerancije na gluten kod djece obično se ne primjećuju dok ne postanu dovoljno stari da počnu jesti hranu s ovim proteinom, kao što su kruh, meki sir, žitarice, kolači, peciva, tjestenina i prerađeno meso, da spomenemo samo nekoliko proizvoda.
Osjetljivost na gluten, protein koji se nalazi u pšenici, ječmu, raži i zobi, nije uvijek identificirana kod djece jer roditelji možda neće primijetiti simptome. Među primarnim pokazateljima netolerancije na gluten kod djece je nelagoda u crijevnom traktu. Smanjen apetit je još jedan znak, vjerojatno zbog prisutnosti grčeva i boli u trbuhu, zbog čega je teško čak i razmišljati o jelu. Povraćanje se često javlja čak i kada dijete zaista jede. Proljev, plinovi i zatvor su drugi želučani problemi koji se često javljaju kod djece s netolerancijom na gluten. U stvari, žgaravica, sindrom iritabilnog crijeva, refluks kiseline i rektalno krvarenje mogu se pojaviti kod djece koja imaju intoleranciju na gluten, što ih čini mudrim da izbjegavaju hranu koja uzrokuje probleme.
Ova nelagoda u trbuhu često dovodi do gubitka težine, ili barem nemogućnosti pravilnog dobivanja na težini. Natečeni trbuh u kombinaciji s nenormalno tankim nogama i rukama često može biti znak netolerancije na gluten kod djece. To je zato što ne mogu pravilno apsorbirati hranjive tvari i obično se osjećaju bolesno toliko često da ne jedu onoliko ili često koliko bi trebali. Pubertet često kasni godinama i kod djece s intolerancijom na gluten, jer ne mogu puno jesti u godinama u kojima bi trebali najviše rasti.
Tolika fizička nelagoda i nemogućnost rasta često mogu dovesti do promjena u ponašanju pogođene djece. Razdražljivost, umor, promjene raspoloženja i depresija često se javljaju kod djece koja nisu u stanju pravilno apsorbirati hranjive tvari zbog netolerancije na gluten. Glavobolje, anemija i bolovi u zglobovima obično ne popravljaju raspoloženje. Osim toga, djeca s ovim problemom obično pate od drugih manjih, ali bolnih zdravstvenih problema, kao što su čirevi u ustima, ekcemi na koži i problemi sa zubima. Takvi simptomi su očekivani i obično pridonose promjenama u ponašanju, sve dok djetetu ne bude dijagnosticirana intolerancija na gluten, te na kraju ne isključi hranu koja uzrokuje problem.