Znakovi intolerancije na mlijeko kod beba obično se pojavljuju oko 30 do 60 minuta nakon hranjenja. Počinje bolovima u želucu, a slijedi grimase i neutješni plač. Često se beba počinje grčiti zbog nelagode. Ovi se simptomi obično javljaju tek nakon procesa hranjenja, ali će opća nervoza najvjerojatnije potrajati tijekom dana.
Intolerancija na mlijeko kod beba razvija se zbog nemogućnosti pravilnog probavljanja laktoze koja se nalazi u ljudskom i životinjskom mlijeku, pri čemu prekomjerna proizvodnja plinova uzrokuje bol. To, međutim, nije alergija na mlijeko, što je alergijska reakcija na proteine u kravljem mlijeku. Simptomi alergije na mlijeko su različiti i ograničeni su na kožu i dišni sustav. Indikacije netolerancije na mlijeko, s druge strane, obično se vide u abdominalnoj regiji.
Dojenčad s intolerancijom na laktozu obično će pokazivati simptome kao što su nadutost, bol u želucu i proljev. Najčešće će se oko anusa pojaviti crveni prsten od nastale neprobavljene mliječne kiseline. Slijedi višak plina. Neke bebe također mogu doživjeti ekcem, kolike i povraćanje.
Proljev uzrokovan intolerancijom na mlijeko ima drugačiji izgled od normalne meke, žute stolice. Ima tendenciju da bude prilično taman i vrlo tekući, često se javlja tijekom dana. To, zajedno s povraćanjem, ima tendenciju da prouzrokuje dehidraciju djeteta nakon što izgubi toliko tekućine. Roditelji se mogu posavjetovati s liječnicima o sprječavanju dehidracije kod beba.
Također je moguće da netolerancija na mlijeko kod beba izazove izbijanje ekcema. Ekcem se u početku može razlikovati po sitnim bijelim kvržicama koje prekrivaju mali dio bebe i okružene su tamnijim crvenim područjem. Teži ekcem će uzrokovati da koža postane crvena i ljuskava, sposobna pokriti mnogo veći dio djetetova tijela. To može dovesti do svrbeža i nelagode za dojenče, što dovodi do napora da se počeše to područje.
Intolerancija na mlijeko kod beba je rijetka, a postaje sve češća kako osoba stari. Dojenčad koja je nedavno doživjela napad virusne infekcije koja izaziva proljev može privremeno doživjeti netoleranciju na mliječne proizvode. Liječnici obično ne savjetuju uvođenje mliječnih proizvoda ubrzo nakon takve infekcije. Dojenčad koja je prijevremeno rođena također može imati intoleranciju na mlijeko.