Ciprofloksacin je antibiotik i ubija samo određene vrste bakterija. Spolno prenosive bolesti (STD) mogu biti uzrokovane raznim infekcijama, od kojih bakterije čine samo dio. Od bakterijskih infekcija za koje su medicinski stručnjaci prethodno koristili ciprofloksacin za liječenje, neke su postale rezistentne na lijek, pa će možda biti potrebni drugi antibiotici. Od 2011., chancroid i primarno tropski ingvinalni granulom STD smatraju se liječevim lijekom.
Kada je spolno prenosiva bolest uzrokovana virusom, ciprofloksacin nije učinkovit. Polno prenosive bolesti uzrokovane virusima uključuju genitalni herpes, virus ljudske imunodeficijencije (HIV) i genitalne bradavice. Virusi obično ne reagiraju na antibiotike.
Svaki antibiotik također ima specifične načine djelovanja i stoga ne može ciljati na sve vrste bakterija. Na primjer, klamidiju uzrokuje bakterija Chlamydia trachomatis, koju ciprofloksacin ne može ciljati. Ciprofloksacin je također neučinkovit protiv limfogranuloma vereneuma, koji također uzrokuje C. trachomatis.
Ostale bakterijske bolesti koje ciprofloksacin ne može liječiti uključuju sifilis, gdje bakterija Treponema pallidum uzrokuje bolest. Bakterijska vaginoza je još jedno stanje koje može, ali i ne mora biti uzrokovano spolno prenosivim bolestima. Ovo stanje također obično ne reagira na liječenje koje uključuje ciprofloksacin. Trihomonijaza se također ne raščisti s ciprofloksacinom, ali u ovom slučaju to je zato što je uzročnik protozojski parazit, a ne bakterija.
Bakterije se s vremenom mogu razviti i razviti mehanizme rezistencije na antibiotik, a ciprofloksacin nije iznimka. Centri za kontrolu bolesti (CDC) u Sjedinjenim Državama izdali su izjavu 1998. godine u kojoj se navodi da je ciprofloksacin jedan od učinkovitih lijekova za gonoreju, ali do 2010. godine, bakterija koja uzrokuje gonoreju bila je toliko otporna na ovaj lijek da je CDC preporučio korištenje drugih umjesto toga lijekovi, kao što je ceftriakson.
Prema preporukama CDC-a iz 2010. o mogućnostima liječenja spolno prenosivih bolesti, ciprofloksacin je prikladan samo za liječenje šankroida i bolesti koja se prvenstveno javlja u tropskim zemljama pod nazivom granuloma inguinale. U slučaju ove bolesti, uzročnik je bakterija Klebsiella granulomatis. Iako ciprofloksacin od 2011. može liječiti ove bolesti, ponekad se javljaju problemi.
Uz chancroid, postoje neki sojevi koji su otporni na lijek. U ovim specifičnim slučajevima, drugi lijekovi, poput azitromicina, mogu uspješno liječiti infekciju. Granuloma inguinale također ima tendenciju ponovnog pojavljivanja, iako se početno liječenje antibioticima čini uspješnim. Još jedan nedostatak primjene ciprofloksacina za spolno prenosive bolesti je taj što nije siguran za trudnice i dojilje.