Za većinu pacijenata, primjena metronidazola za giardijazu brzo će i učinkovito liječiti infekcije ovim mikroorganizmom. U većini slučajeva infekcije se izliječe nakon jednog tretmana, iako nekim pacijentima može biti potrebno nekoliko tečajeva kako bi se u potpunosti riješili parazita. Međutim, postoje neki sojevi giardijaze koji su postali otporni na ovaj lijek, a za pacijente s ovim vrstama giardijaze, korištenje metronidazola za giardijazu možda neće biti učinkovito liječenje. Iako se metronidazol smatra učinkovitim liječenjem, u većini se svijeta koriste drugi lijekovi s većom stopom uspješnosti i manje nuspojava.
Između 85 i 90 posto pacijenata kojima je propisan metronidazol za giardiju potpuno se oporavi nakon uzimanja jedne kure ovog antibiotika. U većini slučajeva pacijentima se daju tri tablete od 250 miligrama koje treba uzimati pet dana. Tekuća suspenzija ovog lijeka može se dati djeci ili pacijentima koji ne mogu gutati tablete. Nakon dovršetka ovog tijeka lijeka, liječnik mora pregledati bolesnikovu stolicu kako bi utvrdio ima li giardijaze.
Bolesnici koji ne izliječe infekciju giardijaze nakon prve terapije mogu se zamoliti da ponovno pokušaju s liječenjem. Doziranje i vrijeme trajanja obično su isti za sljedeće tretmane. Neki pacijenti mogu nastaviti biti pozitivni na giardijazu, u kojem slučaju će se uporaba metronidazola za giardijazu smatrati neučinkovitom za tog bolesnika.
Iako se korištenje metronidazola za giardijazu smatra učinkovitim lijekom i još uvijek je najčešće korišten lijek za liječenje giardijaze u nekim dijelovima svijeta, uključujući Sjedinjene Države, drugi tretmani su učinkovitiji. Tinidazol, lijek povezan s metronidazolom, izvještava o postojanoj stopi izlječenja od 90 posto sa samo jednom tabletom. Drugi lijek koji nije dostupan u cijelom svijetu, kinakrin, može izliječiti između 90 i 95 posto pacijenata. Nuspojave koje mnogi pacijenti doživljavaju primjenom metronidazola često su teže od onih uzrokovanih novijim lijekovima.
Liječenje giardijaze zahtijeva jake lijekove kao što je metronidazol jer infekciju uzrokuje protozoa, a ne bakterija ili gljivica. Premda korištenje metronidazola za giardijazu nije tako učinkovito kao drugi tretmani giardijaze na tržištu, on i dalje ostaje vrijedan i relativno jeftin tretman za ovo stanje. Vrlo je učinkovit protiv većine sojeva giardijaze, iako su ih neke mutacije u tim organizmima učinile otpornima na ovaj lijek.