Postoji 18 otoka raštrkanih po cijelom zaljevu San Francisca, uključujući nenaseljene stijene, zaštićena utočišta za divlje životinje i razvijene otoke s velikom populacijom. Neki od otoka zaljeva San Francisco su prilično poznati, kao što je slučaj s Alcatrazom. Mnogi su dostupni samo privatnim plovilima kao što su jedrilice, a svaka ima jedinstvene značajke zbog kojih se isplati posjetiti, ako možete tamo stići.
Mnogi otoci su izdvojeni kao parkovi i skloništa. Anđeoski otok državni je park do kojeg se može doći trajektom s nekoliko mjesta u zaljevu, a Alcatraz je nacionalni park. Posjetitelji ovih otoka dobrodošli su tijekom cijele godine, iako je ljeto vrhunac sezone. Postoji i nekoliko utočišta za divlje životinje, uključujući otoke East i West Marin, otok Brooks i otok Bair. Otok Brooks dio je okruga regionalnih parkova East Bay i u njemu se nalaze ptice selice, močvarna područja i staze za šetnju. Otok Bair je opsežno utočište za divlje životinje u Južnom zaljevu i važan je dio ekologije područja zaljeva.
Postoji i nekoliko otoka u zaljevu San Francisco koji su nešto više od proslavljenih stjenovitih izdanaka. To uključuje otok Red Rock, na zapadnoj strani Richmond Bridgea, zajedno sa East i West Sisters, otok Ballena Bay pored Alamede i Pat Rock. Otok Red Rock je također jedini otok u privatnom vlasništvu u zaljevu San Francisca, iako činjenica da se tehnički nalazi u tri županije čini potencijalni razvoj izazovom.
U uvali se nalaze i naseljeni otoci. Jedan, otok obalne straže, namijenjen je samo za vojnu upotrebu. Svi ostali naseljeni otoci otvoreni su za javnost. Otok Yerba Buena nalazi se usred mosta u zaljevu San Francisca i ugošćuje civilno stanovništvo zajedno s malom stanicom obalne straže. Treasure Island, umjetni otok vezan uz Yerba Buena nasipom, bivša je mornarička baza s civilnim stambenim objektima koji se nalaze na sjevernom kraju. Alameda, otok neposredno uz obalu Oaklanda, dostupan je preko brojnih nasipa i ima značajnu zbirku primjera viktorijanske arhitekture i arhitekture kraljice Anne.
Ovi otoci, kao što se može vidjeti, dosta su raznoliki. Mnogi stanovnici područja Baya sposobni su imenovati samo nekoliko od 18 otoka, stoga se pripremite impresionirati ljude svojim lokalnim znanjem. Raznovrsne rezidencije i rezervati prirode na otocima zaljeva San Francisco također pružaju zanimljiv presjek života u području zaljeva, kako ljudi tako i životinja.