Tema učinkovitosti vankomicina za MRSA (meticilin rezistentan staphylococcus aureus) se razvija. Baš kao što su neki sojevi stafilokoka razvili otpornost na mnoge uobičajene antibiotike, sada je jasno da se te klice nastavljaju mijenjati. Drugim riječima, razvijaju novu otpornost na novije tretmane i sada postoje neki sojevi MRSA koji su također otporni na vankomicin. Nazvan VR-MRSA, oni bi mogli promijeniti dostupne antibiotike za liječenje MRSA u budućnosti, iako se za sada, vankomicin i dalje smatra jednim od najučinkovitijih lijekova i često jednim od lijekova u krajnjoj nuždi kada MRSA neće reagirati na druge vrste liječenja.
Blizu 2010-ih godina provedena su brojna klinička ispitivanja koja ukazuju na učinkovitost vankomicina za MRSA. Sve u svemu, takva ispitivanja pokazuju da se 80% ili više slučajeva može učinkovito liječiti ovim antibiotikom. Drugi lijek koji je također gotovo jednako učinkovit je tigecylcine. Oba imaju približno jednaku mogućnost nuspojava, s tim da tigeciklin ima tendenciju stvaranja veće mučnine. Postoje i drugi lijekovi koji se mogu koristiti kada ove kombinacije ne uspiju, a uspješno liječenje u konačnici može ovisiti o vrsti soja. Ako je prisutna VR MRSA, vankomicin je od male koristi.
Iako vankomicin za MRSA može biti učinkovit, on nije uvijek prvi lijek izbora. Kao prvo, oblici MRSA stečeni u zajednici možda se niti ne mogu uvijek liječiti antibioticima. Ponekad je jednostavno dreniranje apscesa i održavanje čistoće dovoljno da se riješi MRSA infekcija. S druge strane, prije vankomicina bi se mogao razmotriti antibiotik koji nije na bazi meticilina ili bilo koji drugi lijek na koji MRSA možda nema otpornost.
Razlog zašto se vankomicin za MRSA često naziva liječenjem u krajnjoj nuždi je taj što postoje dobri razlozi da se i on ne koristi. Njegova prekomjerna upotreba dovela je do drugih superbakterica, poput enterokoka otpornih na vankomicin (VRE), koji mogu uzrokovati teške želučane infekcije koje je iznimno teško riješiti. Izbjegavanje stvaranja više VRE ili VR MRSA pokreće ovu zabrinutost. Štoviše, liječnici ne žele zaraziti pacijente s VRE izliječeći ih od MRSA-e, koja bi se mogla pojaviti u medicinski ranjivih pacijenata. To znači da, osim ako liječnici smatraju da je to apsolutno potrebno, mogu prvo potražiti druge lijekove prije nego što pređu na korištenje vankomicina za MRSA.
Određivanje najboljeg tretmana za klice otporne na antibiotike uvijek je osjetljiva ravnoteža. Pravi lijek trebao bi učinkovito izliječiti stanje, izlagati najmanji rizik od opasnih nuspojava i imati najmanju sklonost daljem razvoju klice i njenoj težini za liječenje u budućnosti. Vankomicin za MRSA stvarno služi samo jednoj od ovih kategorija: može učinkovito izliječiti MRSA pod uvjetom da VR MRSA nije prisutna. Ima nuspojave i može uzrokovati razvoj MRSA bakterije, tako da u konačnici ne može biti najbolji izbor u svim okolnostima. Pronalaženje lijeka koji je najbolji izbor pokazuje se vrlo teškim, iako se mnoga istraživanja o ovom pitanju nastavljaju.