Lijekovi za bakterijsku vaginozu obično su u obliku antibiotika. Ponekad će bakterijska vaginoza proći sama od sebe bez ikakvog medicinskog tretmana. Ljudima koji trebaju lijekove za bakterijsku vaginozu obično se propisuju metronidazol ili klindamicin, dvije vrste antibiotika. Oba ova antibiotika dolaze u obliku tableta ili u obliku krema koje se ubacuju unutar rodnice. Većina infekcija bakterijske vaginoze općenito nestaje unutar dva ili tri dana nakon početka liječenja antibioticima, ali liječnici obično savjetuju ženama da uzimaju antibiotike najmanje tjedan dana čak i ako simptomi prestanu.
Mnoge žene koje imaju bakterijsku vaginozu ne osjećaju nikakve simptome i iz tog razloga možda ne shvaćaju da imaju infekciju. Činjenica da bakterijska vaginoza povremeno nestane sama od sebe znači da postoje neke žene koje možda nisu svjesne da su je ikada imale, osobito ako simptomi nisu bili prisutni. Žena ne smije odgađati liječenje bakterijske vaginoze jer vjeruje da će njezina infekcija nestati bez liječenja. Iako bakterijska vaginoza povremeno nestane bez liječenja, mogla bi se znatno pogoršati prije nego što postane bolje. Obično se smatra najboljim posjetiti liječnika ili ginekologa čim se pojave simptomi bakterijske vaginoze kako se problem ne bi pogoršao.
Liječnik obično procjenjuje simptome žene uz obavljanje pregleda zdjelice prije nego što propiše lijekove za bakterijsku vaginozu. Simptomi bakterijske vaginoze često su slični simptomima gljivične infekcije i iz tog razloga mnoge žene mogu vjerovati da imaju gljivičnu infekciju. Često tek kada žena pokuša liječiti svoju bakterijsku vaginozu kremom za gljivičnu infekciju bez recepta, shvati da ima još jedan problem jer je lijek protiv gljivične infekcije neučinkovit protiv bakterijske vaginoze. Liječnici normalno mogu obaviti pregled zdjelice i uzeti uzorak vaginalnog iscjetka kako bi provjerili ima li znakova bakterijske vaginoze. Uzorak koji liječnik dobije pokazat će bakterije prisutne u iscjetku ako žena ima bakterijsku vaginozu, a ne gljivičnu infekciju.
Antibiotski lijekovi za bakterijsku vaginozu često su učinkoviti odmah. Simptomi obično počnu nestajati nakon prvog ili dva dana uzimanja antibiotika. Antibiotici se obično daju u obliku krema ili gelova koji se ubacuju u vaginu. Trudnicama s bakterijskom vaginozom obično se propisuju antibiotici u obliku tableta jer umetanje lijeka u rodnicu tijekom trudnoće možda nije sigurno za fetuse. Ako se antibiotici ne uzimaju cijelo vrijeme koliko su propisani, postoji šansa da će se infekcija vratiti.