Unatoč anegdotskim tvrdnjama o suprotnom, prisutnost istinske alergije na čokoladu toliko je rijetka da se smatra praktički nepostojećim u medicinskom smislu. Zrna kakaa, primarni sastojak čokolade, obično nisu krivci kada se nakon konzumiranja čokolade uoče simptomi alergije na hranu. Svaka nuspojava obično je uzrokovana drugim sastojkom u čokoladi, a nije specifično alergija na čokoladu.
Čokoladni proizvodi, češće nego ne, sadrže druge sastojke na koje mnogi ljudi mogu biti alergični. Gotovo svi čokoladni proizvodi sadrže mliječne sastojke poput mlijeka, a alergije na mliječne proizvode prilično su česte, osobito kod male djece. Za osobe koje ne podnose laktozu, ali mogu podnijeti vrlo male količine mlijeka, gorka, poluslatka i tamna čokolade mogu biti opcija. Ovi čokoladni proizvodi moraju imati veću koncentraciju čokoladnog likera, a time i manji postotak mlijeka od svijetle ili mliječne čokolade. Na tržištu je također dostupno nekoliko marki čokolade bez mliječnih proizvoda za osobe s izrazito osjetljivom netolerancijom na laktozu.
Kikiriki i orašasti plodovi poput badema, oraha i pekana također mogu biti izvor alergijske reakcije na čokoladne proizvode. Mnoge bombone i drugi čokoladni proizvodi sadrže orašaste plodove, ali čak i oni koji ne sadrže mogu se pokazati problematičnim. Neki proizvođači čokolade stvaraju svoje slastice na istim proizvodnim linijama koristeći iste posude i strojeve bez obzira jesu li orašasti plodovi stvarno prisutni u krajnjem proizvodu. Stoga čak i čokolade koje ne sadrže orašaste plodove mogu još uvijek sadržavati sitne tragove orašastih plodova ili ulja.
Za osobe koje su izrazito osjetljive na orašaste plodove, osobito one s teškim alergijama na kikiriki, čak i ovi sitni tragovi proizvoda od orašastih plodova mogu izazvati značajnu reakciju. Takve osobe trebaju pogledati naljepnicu, a ako se ne spominje proizvodnja bez orašastih plodova, treba se obratiti proizvođaču. Postoji nekoliko proizvođača čokolade bez orašastih plodova, kao što su Nothin’ Nutty® i Vermont Nut-Free®.
Prisutnost kukuruza u čokoladi može izazvati alergijsku reakciju kod osjetljivih osoba, što se može pogrešno protumačiti kao alergija na čokoladu. Visoko fruktozni kukuruzni sirup koristi se u mnogim markama čokoladnih bombona. Kao iu slučaju s orašastim plodovima, mnogi proizvođači proizvode čokolade koje ne sadrže kukuruz na istim proizvodnim linijama kao i proizvodi koji sadrže. Unakrsnu kontaminaciju gotovo je nemoguće izbjeći, a čak i male količine kukuruza mogu predstavljati rizik za vrlo osjetljive.
Drugi mogući krivac za pretpostavljenu alergiju na čokoladu je soja. Čokolada je emulzija — mješavina dviju tekućina koje bi se inače razdvojile. Kako bi se spriječilo razdvajanje komponenti i kako bi se čokolada održala u čvrstom obliku na sobnoj temperaturi, obično se dodaje emulgator. Najčešći emulgator koji se koristi u čokoladnim proizvodima je sojin lecitin. Ovaj aditiv može biti problematičan za osobe s alergijom na soju.
Bobičasto voće su popularna punila za čokolade u kutijama, a također su jedna od visoko alergenih namirnica. Osobe s alergijama na bobičasto voće bilo bi mudro izbjegavati čokoladne asortimane kako bi smanjili moguću izloženost. Kofein također može predstavljati problem za one koji su osjetljivi na kemikalije. Iako je prisutan u relativno malim količinama u čokoladi unatoč popularnom vjerovanju, još uvijek može biti dovoljno kofeina da uzrokuje probleme kod visoko alergičnih osoba. Važno je napomenuti da što je čokolada tamnija, to je veći sadržaj kofeina.
Osobe s alergijama na pšenicu ili gluten, poput onih s celijakijom, trebale bi posebno obratiti pozornost na etiketu prije konzumiranja bilo kojeg čokoladnog proizvoda. Čokolade s nadjevima od kreme često koriste pšenični škrob ili brašno kao vezivo. Na tržištu postoje čokolade bez glutena od strane tvrtki kao što je čokolada ugroženih vrsta.
U vrlo rijetkim slučajevima, konzumacija čokoladnih proizvoda može uzrokovati alergijske simptome kod osoba koje uzimaju lijek na recept Prozac® ili druge inhibitore ponovne pohrane serotonina (SSRI). Čokolada može uzrokovati oslobađanje određenih neurotransmitera, uključujući serotonin. Prozac® i drugi SSRI također utječu na razinu serotonina u mozgu. U kombinaciji s čokoladom, to može uzrokovati interakciju s lijekovima.
Alergije na hranu mogu se pojaviti u bilo kojem trenutku. Ako se sumnja na alergiju na čokoladu ili bilo koju drugu vrstu alergije na hranu, potrebno je konzultirati liječnika. Ako su simptomi teški, uključujući iznenadni osip, ubrzan puls ili otežano disanje, potrebno je potražiti hitnu medicinsku pomoć. Liječnik ili alergolog treba biti svjestan koji je točno proizvod konzumiran i radi li se o lijekovima koji se izdaju na recept ili bez recepta.