Prehrana vodenog zmaja općenito bi trebala uključivati oko deset posto povrća i voća bogatog kalcijem i fosforom, kao i neke insekte i životinje za hranjenje, uključujući mladunčad miševa, bebe ptica ili ribe. Većina vodenih zmajeva trebat će svoju hranu obloženu prahom mineralnih dodataka barem jednom tjedno, osim ako jedu hranu bogatu cijelim plijenom. Insekti bi općenito trebali činiti manji dio prehrane vodenog zmaja, budući da prekomjerno hranjenje insekata može uzrokovati opasnu crijevnu blokadu kod vodenih zmajeva. Osim pravilne, uravnotežene prehrane, većina vodenih zmajeva mora biti izložena UVA/UVB svjetlu oko 12 sati dnevno. To omogućuje njihovim tijelima da asimiliraju i koriste kalcij koji jedu.
Gmazovi poput vodenog zmaja općenito trebaju puno kalcija, proteina i fosfora u svojoj prehrani. Zato herpetolozi općenito preporučuju hranjenje ovih životinja hranom koja je teška u hraniteljima. Bebe miševa, bebe štakora, male ptičice i male ribe smatraju se dobrim vrstama cijelog plijena za ove životinje. Mladi glodavci koji su tek dovoljno stari da imaju malo krzna smatraju se najboljim izvorom proteina i drugih minerala za vodene zmajeve. Životinje poput ovih obično bi trebale činiti između 20 i 40 posto prehrane vodenog zmaja.
Većina stručnjaka preporučuje hranjenje vodenih zmajeva samo mrtvim glodavcima. Živi glodavci mogu napasti vodenog zmaja ili se boriti protiv njega. To može uzrokovati ozljedu gmazova, infekciju, pa čak i smrt.
Neke vrste povrća i voća mogu biti zdrav dodatak prehrani vodenog zmaja. Jagode, smokve, dinje i maline primjeri su voća koje može ponuditi vodenom zmaju obilje vitamina i minerala potrebnih za dobro zdravlje. Tikve, pastrnjak, mahune i maslačak obično su također nutritivno prikladni. Međutim, neće svi vodeni zmajevi jesti ovu hranu. Vodeni zmajevi koji ne jedu povrće ili voće mogu se umjesto njih hraniti s dodatnih deset posto hranilica.
Gliste se općenito smatraju korisnim dijelom prehrane vodenih zmajeva, budući da sadrže velike količine proteina, fosfora i kalcija koje vodenim zmajevima obično trebaju. Neki stručnjaci sugeriraju da gliste same po sebi mogu činiti čak 20 posto prehrane vodenog zmaja. Druge vrste insekata, općenito crvi od brašna i cvrčci, mogu činiti 40 do 50 posto prehrane guštera. Mineralni dodatak za gmazove obično bi se trebao posuti po kukcima barem jednom tjedno, kako bi se osiguralo da vodeni zmajevi dobiju dovoljno kalcija i fosfora u svojoj prehrani. Bez adekvatnog unosa minerala, ova bića se mogu ozbiljno razboljeti.