Septički sustavi koji se koriste za pročišćavanje kućanskih i drugih otpadnih voda obično koriste bakterije kako bi pomogli preraditi otpad u konačni proizvod za odlaganje koji se zove otpadna voda. Anaerobni sustavi uključuju bakterije koje ne zahtijevaju kisik za obradu otpada. Kisik je, međutim, neophodan u aerobnom sustavu. Obično se mora pumpati u sustav kako bi se osiguralo da su bakterije sposobne obraditi otpad. Aerobni sustavi imaju neke nedostatke u odnosu na anaerobne, ali su prikladniji za korištenje u određenim okolnostima.
U aerobnom sustavu bakterije se koriste za prethodnu obradu otpadnih voda radi sigurnog odlaganja. Takve bakterije koriste kisik i otpad koji se pumpaju u spremnik kao izvor energije za svoj opstanak i rast. To rezultira razgradnjom otpada i smanjenjem koncentracije štetnih mikroorganizama u konačnom tekućem otpadnom proizvodu. Postoje tri osnovna tipa sustava aerobne obrade (ATS): sustav suspendiranog rasta, šaržni reaktor s sekvencioniranjem i reaktor s fiksnim filmom.
Bakterije plutaju kroz glavni spremnik u sustavu suspendiranog rasta. Zrak se pumpa kroz tekući otpad. Obrađeni čvrsti otpad se taloži u sekundarnom spremniku, a bakterije se vraćaju natrag u glavni spremnik. Obrađeni tekući otpad se zatim odvodi iz ATS-a. Održavanje odgovarajuće ravnoteže otpada, otpadnih voda i bakterija važno je kako bi se spriječilo začepljenje sustava suspendiranog rasta.
Sekvencijski šaržni reaktor sličan je sustavu suspendiranog rasta u kojem bakterije slobodno plutaju kroz spremnik. Međutim, razgradnja i taloženje se odvijaju u samo jednom spremniku. Zrak se dovodi u ovaj pojedinačni spremnik samo tijekom faze razgradnje. Isključuje se tijekom faze taloženja kako bi se krute tvari složile na dno spremnika. Efluent se zatim ispumpava iz spremnika, čime se ciklus završava.
Dok bakterije slobodno plutaju u ova dva tipa sustava, bakterije u reaktoru s fiksnim filmom pričvršćene su na određenu površinu. Razgradnja se odvija u jednom spremniku, a taloženje se odvija u drugom spremniku. Zrak se dovodi samo u područje spremnika za razgradnju s površinom na koju su bakterije pričvršćene. Recirkulacija bakterija natrag u spremnik za razgradnju nije potrebna jer bakterije uvijek ostaju pričvršćene za površinu na kojoj rastu.
Aerobni sustav bilo kojeg od ovih tipova obično je skuplji od tradicionalnog anaerobnog sustava i u smislu početne cijene i održavanja. Takvi sustavi obično imaju složenije dizajne i uključuju više pokretnih dijelova od tradicionalnih sustava. Oni zahtijevaju električnu energiju za sustav koji cirkulira zrak tijekom faze razgradnje, tako da podrazumijevaju i tekuće operativne troškove.
Unatoč većim troškovima povezanim s takvim sustavom, aerobni sustav može biti najprikladnija ili čak jedina opcija u određenim okolnostima. Proizvodnja kvalitetnijeg efluenta čini takav sustav prikladnim za osjetljiva područja okoliša. Prostorna ograničenja također mogu zahtijevati aerobni sustav gdje veliko drenažno polje ne bi bilo moguće.
Neka mjesta ne dopuštaju korištenje aerobnog sustava zbog državnih propisa i propisa. Drugi dopuštaju korištenje aerobnog sustava, ali zahtijevaju od vlasnika da ima ugovor sa profesionalcem kako bi se osiguralo pravilno održavanje sustava. Alarmi mogu biti potrebni u nekim područjima kako bi upozorili vlasnika u slučaju kvara sustava. Kodekse i propise za instalaciju i održavanje aerobnog sustava obično provode državne ili lokalne agencije kao što je zdravstveni odjel.