Amigdala, nazvana tako jer podsjeća na badem, skup je jezgri u mozgu smještenih usko jedna uz drugu i stoga grupirane pod istim imenom. Među najistaknutijim su bazolateralni kompleks, centromedijalna jezgra i kortikalna jezgra. Amigdala je dio limbičkog sustava, odgovorna za regulaciju emocija. Najčešće se povezuje s emocijama straha i tjeskobe, a njegova je veličina u pozitivnoj korelaciji s razinom agresije kod određene vrste. Također se povezuje s emocijom užitka, iako uglavnom u negativnom smislu, tj. užitkom koji je ponekad svojstven agresiji.
Postoje dvije amigdale, simetrično raspoređene u blizini središta mozga, neposredno iznad hipotalamusa. Svaki je dugačak oko 1 inč (2.54 cm). Ova je struktura posljednjih desetljeća dobila veliku pozornost i bila je u fokusu mnogih istraživačkih projekata.
Amigdala igra ključnu ulogu u onome što se naziva “mreža kontrole obrambenog odgovora opće namjene” i reagira kao odgovor na neugodne prizore, osjete ili mirise. Ljutnja, izbjegavanje i obrambenost emocije su koje u velikoj mjeri aktivira ovaj dio mozga. Njegovo evolucijsko podrijetlo leži u ranim ribama, a ima izravne veze s jednim od najstarijih osjetilnih područja, njušnom lukovicom. Amigdala je odgovorna za aktiviranje znakova stresa predaka kao što su “napeta usta” i obrambeni položaji kao što je čučanje.
Poput mnogih dijelova limbičkog sustava, funkcioniranje amigdale nije isključivo povezano ni s jednom emocijom. Loše funkcioniranje amigdala povezano je s anksioznošću, autizmom, depresijom, narkolepsijom, posttraumatskim stresnim poremećajem, fobijama i shizofrenijom. Studije lezija na majmunima pokazale su da kada je ova struktura oštećena prije šest mjeseci starosti, pojedinci imaju poteškoća s prilagodbom na društveni život. To je zato što je amigdala neophodna ne samo za doživljavanje emocija poput straha, već i za modeliranje i brzo prepoznavanje prisutnosti tih emocija kod drugih. Tako se oštećena povezivala sa stanjem autizma, odnosno socijalnog sljepila.
Kod ljudi, amigdala je struktura mozga koja se najviše razlikuje među spolovima. Kad se mužjaci kastriraju, veličina mu se smanjuje za 30%. Depresija je povezana s asimetričnim veličinama amigdale.