Anatomija biljaka je proučavanje fizičke strukture biljaka. Također je poznata kao fitoanatomija, a praktičar ove znanstvene discipline je poznat kao fitoanatom. Kao i kod životinjske anatomije, cilj je naučiti više o tome kako su organizmi sastavljeni i kako rade, pri čemu se te informacije koriste za stjecanje dubljeg znanja o tome kako se brinuti o biljkama i kako se baviti bolestima koje ih pogađaju. Fitoanatomi rade u brojnim okruženjima, uključujući prirodoslovne muzeje, arboretume i laboratorije koji razvijaju nove biljke za poljoprivredu i uređenje okoliša.
Fitoanatomi proučavaju strukturu biljaka kao cjeline i seciraju ih kako bi naučili o njihovim sastavnim dijelovima. Može se odvijati i na mikroskopskoj razini, s anatomom koji pregledava biljne stanice kako bi saznao više o njihovoj funkciji i razlikovao različite vrste biljnih stanica. Biljne anatome također zanima razvoj biljaka, od njihovih najranijih faza kao sjemena preko njihove zrelosti do odrasle dobi.
Secirajući i proučavajući biljke, istraživači mogu naučiti o razlikama između različitih biljaka, što je važan dio taksonomije biljaka. Dvije biljke mogu izgledati vrlo slične na površini, na primjer, ali biti radikalno različite kada se seciraju i promatraju pod mikroskopom. Te se razlike mogu koristiti za opisivanje i kategorizaciju biljaka tako da se mogu smjestiti u taksonomski sustav. Anatomija biljaka također može uključivati pažljivo proučavanje novootkrivenih biljaka kako bi se potvrdilo da su jedinstvene i kako bi se prikupili podaci o njima koji se mogu koristiti za njihovu kategorizaciju.
Ljudi sve više odvajaju anatomiju i morfologiju biljaka, pri čemu se anatomija bavi unutarnjom strukturom biljaka, dok morfologija uključuje vanjski izgled biljke. Međutim, postoje neka preklapanja između polja. Cvijet, na primjer, mogu pregledati morfolog i anatom, pri čemu su oboje zainteresirani za vanjske i unutarnje strukture cvijeta kako bi saznali više o njemu.
Ljudi koji rade kao anatomi biljaka obično pohađaju fakultetske tečajeve iz botanike, biologije i srodnih tema. Mogu se odlučiti usredotočiti na određene vrste biljaka, kao što su tropske biljke, prehrambeni usjevi i tako dalje, ili mogu raditi kao opći anatomi u objektima kao što su prirodoslovni muzeji, katalogizirajući nove nabave i upravljajući postojećim zbirkama tako da ih je lako kojim se posjetitelji navigiraju i koriste kao resurs. Oni također mogu raditi na mjestima kao što su laboratoriji za farmaceutska istraživanja, proučavajući biljke s ljekovitim svojstvima.