Kada imunološki sustav funkcionira normalno, tijelo razvija stanje tolerancije kao odgovor na vlastite proteine. U nekim slučajevima, međutim, može se razviti stanje autoimunosti, u kojem imunološki sustav prepoznaje i reagira na jedan ili više tjelesnih proteina. Kada se to dogodi, imunološka reakcija koja se razvije može imati ozbiljan utjecaj na zdravlje.
Imunološki sustav evoluirao je u visoko specijalizirani odgovor koji prepoznaje i uništava strane proteine i organizme. S tim u vezi, imunološki sustav razlikuje samo “sebe” i “ne-sebe”. Proteini koje proizvodi tijelo su sami i pokreću stanje imunološke tolerancije; proteini iz virusa, bakterija, parazita, biljaka, životinja i drugih ljudi, nisu vlastiti i potencijalno mogu izazvati imunološki odgovor.
Imunološka tolerancija je stanje u kojem je imunološki odgovor aktivno potisnut prema vlastitim proteinima. U nekim situacijama, međutim, tijelo može razviti imunološki odgovor, a ne toleranciju, na jedan ili više vlastitih proteina. Ovaj samousmjeren imunološki odgovor naziva se autoimunost.
Najpoznatiji autoimuni poremećaji uključuju dijabetes tipa 1 i reumatoidni artritis, kao i multiplu sklerozu i lupus. U svakom slučaju, simptomi autoimune bolesti nastaju kada imunološki sustav napada vlastite proteine. Rezultirajući imunološki odgovor može uzrokovati uništavanje tkiva, kroničnu upalu i druge iscrpljujuće simptome.
U slučaju dijabetesa tipa 1, na primjer, imunološke stanice uništavaju stanice gušterače koje proizvode inzulin, što dovodi do potrebe za vanjskim izvorom inzulina. Za razliku od toga, reumatoidni artritis je rezultat imunološkog odgovora na tkivu zglobova koji uzrokuje kroničnu bol i upalu. Sistemski lupus nastaje kada tijelo proizvodi autoimuna protutijela koja reagiraju na vrstu proteina koji se nalazi u gotovo svim stanicama u tijelu. Ovaj oblik bolesti može biti posebno opasan, sa sposobnošću zahvaćanja organa, zglobova, mišića i krvi.
Dok su opći uzroci autoimunosti nepoznati, niz teorija pokušava objasniti obrasce razvoja autoimunih bolesti u populacijama. Jedna teorija temelji se na činjenici da žene imaju veću vjerojatnost da će razviti autoimunost nego muškarci, a nadalje da trudnoća povećava rizik od razvoja autoimunog poremećaja kod žene. Prema ovoj teoriji, ovaj rizik se povećava jer su žene izložene fetalnim proteinima kroz placentnu barijeru tijekom trudnoće, što bi moglo poremetiti toleranciju vlastitih proteina.
Druga teorija pokušava objasniti zašto se incidencija autoimunih poremećaja povećala u mnogim zapadnim zemljama tijekom posljednjih nekoliko desetljeća. Higijenska hipoteza objašnjava da je povećan fokus na higijenu doveo do smanjene izloženosti ne-ja-bjelančevinama i smanjene mogućnosti za imunološki sustav da “nauči” kako razlikovati sebe i ne-sebe. Postoje neki dokazi za ovu teoriju u činjenici da je autoimunost mnogo češća u zapadnom svijetu nego u zemljama u kojima je jedna ili više zaraznih bolesti endemska za populaciju.