Bacillus thuringiensis (Bt) je bakterija koja živi u tlu koja se također prirodno pojavljuje na površini nekih biljaka, te u crijevima nekih gusjenica. Obično se koristi kao pesticid u vrtovima. Bacillus thuringiensis ima mali ili nikakav učinak na ljude, divlje životinje i korisne kukce te se stoga smatra ekološki prihvatljivim.
Godine 1901. japanski biolog Shigetane Ishiwata prvi je otkrio Bacillus thuringiensis, koji je nazvao Bacillus sotto. Bakteriju je 1911. godine ponovno otkrio njemački biolog Ernst Berliner, koji joj je dao današnje ime po njemačkom gradu Thuringiji. bakterija je blisko povezana s Bacillus cereusom, drugom bakterijom koja živi u tlu, i Bacillus anthracis, koji uzrokuje bolest antraks.
Bacillus thuringiensis se koristio kao pesticid od kasnih 1920-ih, ali nije postao široko korišten sve do 1960-ih, vjerojatno zbog problema s diklordifeniltrikloretanom (DDT), široko korištenim pesticidom početkom 20. stoljeća. DDT je vrlo otrovan za vodene životinje, ptice i sisavce, uključujući ljude. Povezuje se s astmom, rakom, dijabetesom, neurološkim problemima i reproduktivnim problemima kod ljudi i ne razgrađuje se lako.
Čini se da je Bacillus thuringiensis siguran za ljude i divlje životinje. Obično se prska po usjevima, ali od 1980-ih neke biljke, uključujući sorte duhana, kukuruza i pamuka, genetski su modificirane da eksprimiraju toksine B. thuringiensis, što je omogućilo smanjenje upotrebe pesticida. Ova genetska modifikacija sprječava oštećenje insekata koji nisu grabežljivci usjeva i isporučuje visoku dozu toksina svakom štetniku koji pojede biljku. Neki problemi koji proizlaze iz uporabe B. thuringiensis uključuju evoluciju štetnika otpornih na toksin i osjetljivost usjeva Bacillus thuringiensis na sekundarne štetočine koje nisu ciljane toksinom.
Postoje i druga moguća pitanja vezana uz korištenje Bacillus thuringiensis u usjevima, iako su kontroverzna. Neki istraživači su tvrdili da su usjevi kukuruza B. thuringiensis potencijalno fatalni za leptira monarha. Još jedna kontroverzna tvrdnja protiv B. thuringiensis-modificiranog kukuruza je da kontaminira prirodnu populaciju kukuruza.
Nedavno su neki istraživači sugerirali moguću vezu između Bacillus thuringiensis i poremećaja kolapsa kolonije (CCD), fenomena u kojem pčele radilice iznenada nestanu iz svoje kolonije. CCD je ozbiljan poljoprivredni problem u cijelom svijetu jer su pčele oprašivači za mnoge važne usjeve. Niti jedna od zabrinutosti iznesenih protiv upotrebe B. thuringiensis nije potkrijepljena, ali nije ni pozitivno opovrgnuta, a istraživanja o dugoročnim učincima toksina su u tijeku.