Bakterijska fiziologija proučava strukture i funkcije koje bakterijama omogućuju opstanak. To uključuje sve, od sastava bakterijskih staničnih stijenki do enzima koje mogu proizvesti za obavljanje različitih unutarnjih i vanjskih funkcija. Istraživači u ovom području mogu raditi u laboratorijskim okruženjima, istražujući poznate organizme, kao i učeći više o novim bakterijama. Farmaceutske tvrtke, agencije za zaštitu okoliša i brojne druge organizacije koriste bakterijske fiziologe.
Bakterije su iznimno raznolike, a dio posla bakterijske fiziologije uključuje razvoj smislenih kategorija u koje se mogu podijeliti u svrhu klasifikacije i istraživanja. Na primjer, istraživači mogu podijeliti organizme na Gram pozitivne i negativne bakterije prema načinu na koji reagiraju na mrlju po Gramu. Isto tako, mogu se podijeliti na anaerobne bakterije koje ne trebaju kisik za preživljavanje, aerobne bakterije i organizme koji se mogu mijenjati naprijed-natrag i ne trebaju isključivo oksigenirano ili deoksigenirano okruženje. Bakterije također mogu pokazivati različite stupnjeve pokretljivosti i drugih karakteristika koje mogu pomoći istraživačima da ih identificiraju.
Istraživači u fiziologiji bakterija promatraju bakterijsku genetiku i kako bakterije reagiraju na evolucijske pritiske. Oni sekvenciraju i proučavaju enzime koje proizvode bakterije. To uključuje strukture potrebne za stanične funkcije poput diobe, kao i bakterijske enzime koji se mogu otpustiti u okolno okruženje. Neki od njih su toksični i mogu igrati ulogu u bakterijskim infekcijama i kontaminaciji. Neki se posebno usredotočuju na zarazne bolesti i interakcije između bakterija i drugih organizama.
Drugi istraživači mogu istraživati teme poput simbioze, gdje bakterije žive zajedno ili s drugim organizmima na obostranu korist. Neki lišajevi, na primjer, imaju bakterije kao simbiotske partnere za opskrbu organizma energijom kako bi mogao rasti i razmnožavati se. Druge bakterije mogu parazitski živjeti na drugim organizmima i mogu se osloniti na njih za nutritivnu potporu. Neki od ovih parazita zauzvrat pružaju dobrobiti, poput organizama u probavnom traktu koji pomažu u probavi, dok se drugi mogu uključiti u svoje domaćine i uzrokovati bolest.
Studenti koji se zanimaju za bakterijsku fiziologiju morat će pohađati tečajeve biologije i posebno se usavršavati o bakterijama. Mnogi ljudi u ovom području imaju napredne diplome i istraživačke kredite. Izgledi za zapošljavanje prilično su promjenjivi. Mjesto na kojem znanstvenik želi raditi može napraviti razliku, kao i područje specijalnosti. Istraživači koji rade na temama kao što je korištenje bakterija za proizvodnju lijekova mogu zaraditi više od ljudi koji se bave temeljnim istraživanjem fiziologije bakterija, na primjer.