Struktura bakterija je jednostavnija od strukture drugih organizama. Bakterije su mikroorganizmi koji nemaju organele vezane za membranu i dobro definiranu jezgru. Obično imaju jedan od četiri oblika, ovisno o vrsti bakterije i imaju brojne dodatke s različitim funkcijama.
Bakterije su jednostanične, što znači da se sastoje samo od jedne stanice. Sve što je bakterijama potrebno za preživljavanje i razmnožavanje, osim hrane, sadržano je u ovoj jednoj stanici. Kao takva, bakterijska se struktura razvila na načine koji omogućuju stanici da učinkovito obavlja svoj posao.
Bakterije su prokarioti, što znači da nemaju organiziranu jezgru. Jezgra je organela u kojoj se nalazi deoksiribonukleinska kiselina (DNK) i genetski materijali potrebni za replikaciju u razvijenijim stanicama. Unatoč odsutnosti jezgre, bakterije i dalje posjeduju DNK, ali ona slobodno pluta unutar citoplazme.
Stanična stijenka okružuje citoplazmatsko područje ili unutrašnjost bakterije i djeluje kao potporna struktura za cijeli organizam. Donji sloj stanične stijenke formiran je od peptidoglikana, molekule koja se sastoji od aminokiselina i šećera. Ovo je svojstvo jedinstveno za bakterije i ono što čini staničnu stijenku otpornom na unutarnje i vanjske pritiske.
Peptoglikan daje bakteriji njen oblik. Oblik određene stanice obično se razlikuje od te vrste i važan je detalj u identificiranju nepoznatih vrsta. Dva uobičajena oblika za bakterije su bacil, koji je u obliku štapa, i spirillum, koji je u obliku spirale. Drugi uobičajeni oblici su kokus, ili sferični, i filamentous, u kojem pojedinačne stanice rastu u duljinu, ali se ne odvajaju.
Obloga stanične stijenke je membrana koja selektivno propušta molekule da ulaze i izlaze iz stanice. Citoplazma ispunjava područje unutar stanične membrane. Unutar citoplazme nalaze se kromosomi, DNK stanice. Citoplazma također sadrži ribosome koji stvaraju proteine koje koristi stanica.
Na vanjskoj strani stanične stijenke postoje različiti nastavci koji pomažu bakterijama u obavljanju radnji kao što su pomicanje i pričvršćivanje na druge objekte. Flagele, filamenti proteina, nalaze se na vanjskoj strani organizma i pokreću bakterije kroz njegovu okolinu. Bakterije mogu imati jednu ili više flagella ovisno o vrsti.
Još jedna površinska značajka bakterija su fimbre. Ove filamente proteina koriste bakterije da se vežu za druge strukture. Postoje na cijeloj površini bakterije i mnogo su manji od flagela. Treća komponenta je proteinski nastavak u obliku niti nazvan pilus, koji se također nalazi na vanjskoj strani stanice. Pili pomaže u konjugaciji i vezivanju bakterija.