Bakterijski protein je protein koji je ili dio strukture bakterije, ili ga proizvodi bakterija kao dio svog životnog ciklusa. Proteini su važan dio svih živih organizama, a bakterije nisu iznimka. Zahvaljujući činjenici da je mnoge bakterije lako kultivirati u laboratoriju, provedeno je mnogo istraživanja o bakterijskim proteinima s ciljem saznanja više o specifičnim proteinima i njihovim funkcijama. Razumijevanje bakterijskih proteina važno je i zato što bakterije igraju vrlo aktivnu ulogu u ljudskom zdravlju i zato što se informacije mogu ekstrapolirati kako bi se prikupilo više podataka o proteinima povezanim s većim organizmima, uključujući ljude.
Proteini su dugački lanci aminokiselina koji su presavijeni na sebi. Priroda proteina određena je i lancem aminokiselina i načinom na koji je protein presavijen. Proteini su kodirani u genima, pri čemu se određeni proteini eksprimiraju dok se organizam razvija, dok druge proizvodi organizam s ciljem ostvarivanja određenih zadataka. Genetski kod organizma sadrži nacrte za brojne proteine.
Osim što je jedinstvena struktura, bakterijski protein također ima sposobnost vezanja s drugim proteinima. Vezanje na proteine uključuje stvaranje vrlo jakih veza između dva različita proteina. Nakon što se proteini vežu, mogu izazvati reakciju koja može varirati od odgovora imunološkog sustava na infekciju do početka bolesti. S vremenom su se mnoge bakterije razvile kako bi proizvele proteine koji ciljaju na određena mjesta na ljudskim i životinjskim stanicama.
Bakterijski proteini su od interesa za ljude iz više razloga. Razumijevanje proteina koji su uključeni u strukturu određenih bakterija može pomoći istraživačima da razviju lijekove koji identificiraju i ciljaju određeni bakterijski protein, omogućujući istraživačima da stvore antibakterijske lijekove koji ciljaju specifične organizme. Razumijevanje pojedinačnih proteina također može omogućiti istraživačima da prate mutacije i da prate načine na koje su se te mutacije dogodile i kako se njima može riješiti.
Neke bakterije proizvode proteine koji imaju štetan učinak na ljudski organizam. Bakterijski protein može biti otrovan, uzrokovati bolest ili smrt u organizmu koji je zaražen bakterijom, a bakterijski proteini se također mogu vezati sa specifičnim proteinima u tijelu i uzrokovati razne simptome. Istraživači mogu provesti godine identificirajući sve proteine povezane s jednom vrstom bakterije, a ovaj proces može biti kompliciran brzim mutacijama, kao što se vidi u slučaju lukave bakterije Staphylococcus.