Komisiju za atomsku energiju osnovao je Kongres Sjedinjenih Država kada je donio Zakon o atomskoj energiji iz 1946. godine. Nakon Drugoga svjetskog rata, ovim zakonom je prebačena kontrola i nadzor nad atomskom energijom u SAD-u s vojnih službi na Komisiju za atomsku energiju, civilnu agenciju unutar savezne vlade. Općenito, uloga komisije prije nego što je ukinuta bila je usmjeravati istraživanje, razvoj i proizvodnju nuklearnog oružja, kao i miroljubive upotrebe atomske energije.
U funkcije komisije bili su vojni ciljevi proizvodnje materijala za atomsko gorivo te testiranje i proizvodnja nuklearnog oružja. Također je bio odgovoran za razvoj nuklearnih reaktora koji bi služili i u civilne i vojne svrhe. Konačno, Komisija za atomsku energiju trebala je usmjeravati istraživanja o upotrebi nuklearnih materijala u inženjerstvu, kao iu fizičkim, medicinskim i biološkim znanostima.
Administrativno, na čelo nove agencije imenovan je odbor povjerenika od pet članova. Također su osnovana tri glavna savjetodavna odbora kako bi dali doprinose i smjernice. Komisija za atomsku energiju morala se konzultirati s Vojnim odborom za vezu o bilo čemu u vezi s vojnom primjenom atomske energije. Prvih 10 godina svog postojanja većina sredstava povjerenstva odlazila je na razvoj i proizvodnju nuklearnog oružja i druge vojne namjene atomske energije. Zajednički kongresni odbor za atomsku energiju osiguravao je nadzor Kongresa, a Opći savjetodavni odbor, sastavljen od vodećih atomskih istraživača, dao je potrebno tehničko i znanstveno vodstvo Komisiji za atomsku energiju.
Godine 1954. američki Kongres je dodao odgovornosti komisije izmjenom izvornog Zakona o atomskoj energiji iz 1946. godine. Izmjene i dopune iz 1954. dopuštale su komisiji prijenos informacija o nuklearnoj tehnologiji u druge zemlje, kao iu privatne tvrtke. Čineći to, Komisija za atomsku energiju postala je odgovorna za nadzor širenja poslovnih upotreba nuklearne energije u SAD-u. U 1960-im i ranim 1970-ima Komisija za atomsku energiju radila je s tvrtkama u privatnoj industriji na razvoju reaktora koji bi mogli proizvoditi električnu energiju. Osim toga, 1954. Komisija za atomsku energiju dobila je ulogu reguliranja sigurnosti industrije nuklearne energije.
Konačno su se razvili sukobi između odgovornosti komisije da razvija i regulira komercijalnu nuklearnu industriju. Ti su sukobi doveli do toga da je američki Kongres ukinuo Komisiju za atomsku energiju 1974. Njegove su odgovornosti tada podijeljene između novostvorene Komisije za nuklearnu regulaciju i Ministarstva energetike.