Jedna od najgorih katastrofa u povijesti Pennsylvanije, kao i Sjedinjenih Država, dogodila se 31. svibnja 1889. Velika oluja se već danima nadvijala nad zapadnom polovicom Sjedinjenih Država. Dana 30. svibnja, poplava je pogodila jugozapadnu Pennsylvaniju, što je rezultiralo s više od 8 inča (20.3 cm) oborina i dovelo do poplave u Johnstownu. Osam inča (20.3 cm) padalina inače nije katastrofalna pojava, ali je nekoliko drugih čimbenika utjecalo na poplavu u Johnstownu.
Zemljopisne značajke područja, koje su ostale iste i danas, odigrale su veliku ulogu u poplavi u Johnstownu, koja se također naziva i Velika poplava 1889. Grad Johnstown, osnovan 1793., nalazi se na spoju Stonycreeka i Rijeke Little Conemaugh. Ove dvije rijeke spajaju se u veću rijeku Conemaugh. Budući da je grad Johnstown okružen
vodnih putova, često je bio sklon poplavama barem jednom godišnje zbog odmrzavanja snijega ili obilnih kiša uzrokovanih godišnjim olujama. Ni 1889. nije bila drugačija.
Johnstown je također bio dom jezera Conemaugh, koje je prije bilo poznato kao Zapadni rezervoar. Jezero Conemaugh, nastalo blokiranjem dijela rijeke Little Conemaugh, u početku je izgrađeno za korištenje u sustavu kanala Pennsylvanije u vrijeme prije nego što je transport parnim strojevima bio popularan. Akumulacija, koja je završena 1852. godine, držala se u zaljevu brane South Fork. Brana je imala problema od samog početka i bila je glavni faktor koji je pridonio poplavi u Johnstownu.
Brana, koja nikada nije bila čvrsta, srušila se jednom 1862. godine, uzrokujući samo manju poplavu budući da je tada bila samo napola puna. Akumulacija je prošla kroz ruke mnogih vlasnika, od kojih su svi radili svoje preinake. Zabilježeno je da je jedan vlasnik uklonio drenažne cijevi kako se brana nikada ne bi mogla potpuno isprazniti radi popravka. Godine 1879. akumulaciju i branu kupio je Ribarski i lovački klub South Fork, slavno mjesto za bijeg poznatih imena tog vremena, uključujući i čeličnog magnata Andrewa Carnegiea.
Ribarski klub je napravio dodatne štetne izmjene na vodnom tijelu, uključujući dodavanje paravana preko preljeva. To je omogućilo da riba ostane u akumulaciji, ali je također uzrokovalo nakupljanje mulja i krhotina koji su doprinijeli lošoj drenaži brane. Na dan poplave voda na ulicama je već dosegla visinu od 10 m, ali nešto iza 3.045 sata poslijepodne pukla je brana South Fork. Ispustio je više od 3 milijuna tona (20 kg) vode u Johnstown i okolna područja.
Ostatak te noći preživjeli su se skupili u masama na plutajućim krovovima, hvatajući krhotine kako se ne bi utopili. Neki su preživjeli, mnogo više ih je ozlijeđeno, a 2,209 ljudi je umrlo. Pet dana nakon što se događaj dogodio, Clara Barton i organizacija koju je osnovala nekoliko godina ranije, Američki Crveni križ, stigli su da pruže pomoć i zalihe preživjelima u poplavi. Od žrtava je stradalo 99 cijelih obitelji, 98 djece je ostalo bez roditelja, a 777 žrtava nikada nije identificirano. Poplava je stvorila 124 udovice i 198 udovaca.
Mnoga imanja su oštećena ili uništena. Ukupni iznos imovinske štete iznosio je 17 milijuna dolara (USD). Uništeno je više od 4 km od grada Johnstowna, što je mnoge navelo da tvrde da je poplava u Johnstownu bila jedna od najgorih prirodnih katastrofa u povijesti Sjedinjenih Država.