Španjolska inkvizicija bila je crkveni sud kojim je upravljala španjolska monarhija i osnovan da iskorijeni heretike i druge pojedince koji su ugrožavali status Rimokatoličke crkve u Španjolskoj. Osnovana 1478. godine, španjolska inkvizicija nije formalno ukinuta sve do 1834. godine i jedna je od najzloglasnijih od brojnih inkvizicija održanih u Europi. Procjenjuje se da je najmanje 2,000 ljudi umrlo pod španjolskom inkvizicijom, a nebrojeni drugi su bili mučeni, podvrgnuti strašnim fizičkim kaznama i prisiljeni predati svu svoju imovinu.
Ovom razdoblju španjolske povijesti prethodilo je razdoblje u kojem je Španjolska bila izrazito vjerski raznolika. Nekada su kršćani, muslimani i Židovi živjeli relativno mirno zajedno u Španjolskoj, razmjenjujući ideje i informacije te stvarajući bogatu i živahnu kulturu. Međutim, kada je španjolska monarhija započela ponovno osvajanje područja Španjolske koje su okupirali Mauri, to je vidjela kao prijetnju, te je monarhija radila na ponovnom uspostavljanju katolicizma kao dominantne religije u Španjolskoj.
Monarhi Ferdinand II od Aragona i Isabella I od Kastilje uspostavili su španjolsku inkviziciju, uspostavivši inkviziciju kojom je upravljala vlada, a ne Crkva, što je bio prilično mudar politički potez. Točne motivacije španjolske inkvizicije pomalo su nejasne. Osim očite želje za ponovnim uspostavom katoličanstva u Španjolskoj, monarsi su možda imali ciničnije motive, poput želje da se dočepaju imovine ljudi osuđenih pod inkvizicijom, i hitne potrebe za smanjenjem političkog utjecaja tzv. Conversos, ljudi židovske i muslimanske vjere koji su prešli na kršćanstvo, često zbog pritiska ili političkih razloga.
Bez obzira na razloge španjolske inkvizicije, ona je bila organizirana slično formalnoj papinskoj inkviziciji. Inkvizitori bi ulazili u grad i davali službeno priopćenje nakon vjerskih bogoslužja, pozivajući ljude da priznaju ili osude druge. Nakon što se identificira skupina priznatih ili optuženih zločinaca, oni će biti izvedeni pred suđenje u formatu tribunala. Jedna od velikih mana španjolske inkvizicije s pravne točke gledišta je to što optuženima nije dat identitet svojih tužitelja, a često su i ignorirani o optužbama, što je onemogućavalo obranu. Također su bili dužni svjedočiti, s tim da se odbijanje svjedočenja uzimalo kao priznanje krivnje.
Conversos, za koje se često sumnjalo da nisu pravi kršćani, bili su posebne mete španjolske inkvizicije, budući da je inkvizicija kršćanima mogla suditi samo formalno. Inkvizicija je također sudila ljudima zbog sumnje u herezu i niz drugih zločina, od kojih su mnogi bili samo apstraktno povezani s katoličkom vjerom. Mučenje je bilo široko rasprostranjeno među inkvizitorskim sudovima, kao i pritisak da se građani potaknu da se međusobno prokazuju uz obećanje imuniteta od istrage. Ako budu osuđeni, nekima je ljudima ponuđena šansa da se pomire s Crkvom, obično nakon što su izdržali tešku fizičku kaznu i gubitak svoje imovine. Ostali osuđeni zločinci su pogubljeni.