Bilješke o genomu označavaju dijelove genoma s informacijama o genetskim podacima koje sadrži. To je dio procesa na projektima genoma, gdje cilj nije samo sekvencirati DNK ciljnog organizma, već razumjeti što on radi i kako funkcionira. Istraživači mogu provoditi bilješke u svojim laboratorijima i mogu dijeliti podatke s drugim znanstvenicima kako bi udružili resurse i informacije. Dostupne su internetske baze podataka otvorene za javnost, a neke također dopuštaju široj javnosti da dostave vlastite bilješke.
Prvi korak u označavanju genoma je sekvenciranje, gdje istraživači određuju redoslijed aminokiselina u DNK organizma. Sekvenciranje cijelog genoma traje dugo, a uobičajeno je da znanstvenici počnu komentirati prije nego što je genom dekodiran. S dijelom sekvencirane DNK u ruci, istraživač može početi komentirati. Znanstvenici mogu primijetiti gdje se čini da geni počinju i prestaju, obraćajući pažnju na karakteristične nizove DNK koji sadrže informacije o funkciji genoma.
Računala su sposobna samostalno izvesti neke bilješke genoma. Oni mogu tražiti poznate obrasce, kao što su nizovi aminokiselina koji se pojavljuju na početku i na kraju gena. U automatiziranom označavanju, računalo može dodati bilješke u različite dijelove niza DNK kako bi pružilo informacije o tome. Također je moguće usporediti segmente različitih organizama kako bi se tražila varijansa koja bi mogla pružiti važne informacije o vrsti kao cjelini.
Ručno označavanje genoma uključuje fizički pregled DNK. Mnogi istraživači koriste računala za prikaz informacija i označavanje, dopuštajući im da ih unose u baze podataka dok rade. U nekim slučajevima može biti potreban ručni pregled nakon automatizirane bilješke kako bi se provjerilo je li računalo primilo točne informacije. To može biti mukotrpan proces i pogreške se događaju, što je jedan od razloga zašto istraživači vole spajati baze podataka. Ako se bilješka ne podudara s drugima na istom dijelu DNK, ljudi mogu procijeniti informacije kako bi utvrdili što se dogodilo i ispravili pogrešku.
Nije uvijek moguće odrediti što gen radi tijekom procesa označavanja genoma. Znanstvenici mogu označiti gene i odvojiti ih od drugih komponenti genoma, kao što su nekodirajuća DNA poput ponavljanja. Ove informacije mogu se koristiti u istraživanju dok ljudi razvijaju teorije o različitim segmentima genoma. Oni mogu dodati napomene kako bi zabilježili funkciju gena.