Binarna fisija je oblik aseksualne reprodukcije koju koriste svi prokariotski organizmi, a i neki eukariotski organizmi poput gljiva. Osim što se koristi za umnožavanje cijelih organizama, ovaj proces se također koristi u stanicama eukariotskih organizama od strane nekih organela. U ovom procesu, dvije stanice kćeri proizvode se od strane jedne roditeljske stanice koja se učinkovito klonira. Bakteriju Escherichia coli intenzivno su koristili istraživači koji proučavaju binarnu fisiju, jer predstavlja klasičan primjer ove metode aseksualne reprodukcije na djelu, a vrlo je obilna.
U binarnoj fisiji, stanica počinje dupliciranjem svoje DNK kako bi stvorila dva kompletna skupa, a zatim raste do veličine mnogo veće nego što je obično. Kako stanica raste, skupovi DNK pomiču se na suprotne krajeve stanice. Nakon što stanica postigne odgovarajuću veličinu, dijeli se na dva dijela, stvarajući dvije stanice kćeri s identičnom DNK. Ovaj proces se klasično koristi kada organizam živi u stabilnom okruženju.
Osim što se razmnožavaju binarnom fisijom, mnogi se prokarioti mogu razmnožavati i spolno. Spolno razmnožavanje je važno jer pridonosi genetskoj raznolikosti miješanjem gena različitih pojedinaca. Ponovljene sesije binarne fisije smanjile bi genetsku raznolikost, čineći vrstu kao cjelinu vrlo osjetljivom na uništenje. Seksualna reprodukcija miješa stvari, održavajući vrste raznolikima i promičući razvoj korisnih mutacija.
Vrijeme binarne fisije je važno, jer organizmi to moraju učiniti u pravom trenutku. Proces je djelomično reguliran septalnim prstenom, prstenom proteina koji se formira oko sredine stanice, potičući je da se ravnomjerno podijeli bez oštećenja DNK ili stanične stijenke. Pogreške u procesu fisije mogu uzrokovati stvaranje stanica kćeri s nepotpunom DNK ili dodatnim kopijama određenih gena. Pregradni prsten je dizajniran da to spriječi.
Unutar stanica eukariotskih organizama, organele kao što su mitohondriji mogu se reproducirati ovom metodom. Binarna fisija unutar stanice obično se vremenski određuje kada je stanica u procesu replikacije i dijeljenja kao dio staničnog ciklusa. Tijekom ovog procesa mogu se pojaviti pogreške, uzrokujući probleme sa stanicama kćerima koje nastaju tijekom stanične diobe. Ove pogreške mogu uzrokovati smrt stanice jer nova stanica ne može preživjeti sama, ili mogu dovesti do stanja poput raka, uzrokovanih greškama u diobi stanica koje dovode do proliferacije rasta stanica.