U svom najopćenitijem smislu, biotehnologija se može koristiti za označavanje bilo koje vrste tehnologije koja koristi biologiju da postigne svoj cilj. To uključuje takve “niskotehnološke” metode kao što je cijepljenje različitih biljaka zajedno, dodavanje kvasca u piće kako bi ga fermentiralo u pivo ili nadopunjavanje tla organizmima kako bi se lakše riješili problemi sa štetočinama. U specifičnijem smislu, pojam se obično koristi za označavanje više razine tehnološkog zastupanja, osobito u području poljoprivrede.
Postoje četiri glavna podpolja biotehnologije pod kojima većina implementacija odgovara: zelena, plava, bijela i crvena. Zelena biotehnologija ima veze s biljkama i uzgojem, plava ima veze s korištenjem biološke tehnologije u vodi, bijela se koristi u industriji, a crvena se koristi u medicinske svrhe. Iako su sva četiri potpolja doprinijela nizu vrijednih procesa, zelena biotehnologija je vjerojatno najšire korištena, dok je plava još uvijek relativno rijetka.
Bijela biotehnologija, koja se ponekad naziva i siva biotehnologija, prvenstveno se usredotočuje na korištenje bioloških organizama za proizvodnju ili manipulaciju stvarima na način koji je koristan za industriju. Neke se bakterije mogu koristiti za liječenje metala ili plastike, na primjer, na način koji može biti učinkovitiji ili isplativiji od tradicionalnih metoda. Drugi se mogu koristiti za aktivnu proizvodnju kemikalije ili spoja koji će se koristiti u industrijskom procesu. Jedna uzbudljiva upotreba bijele biotehnologije je način čišćenja kontaminiranog okoliša oslobađanjem bakterija koje pomažu razgraditi ili razgraditi neželjenu kemikaliju. Bakterije koje troše naftu iz izlijevanja nafte jedan su primjer za to.
Crvena biotehnologija koristi se za stvaranje tvari za medicinsku upotrebu ili za izravnu pomoć tijelu u borbi protiv bolesti ili bolesti. Praksa genetski modificiranja kvasaca i bakterija za proizvodnju lijekova jedna je raširena upotreba, često dopuštajući stvaranje lijekova koje bi inače bilo nemoguće proizvesti. Manipuliranje pacijentovim genomom za izlječenje bolesti još je jedna, relativno nova upotreba crvene biotehnologije.
Zelena biotehnologija je jednostavno najstarija upotreba biotehnologije od strane ljudi, koja datira još od prve upotrebe selektivnog uzgoja u biljkama, a u modernom dobu to je i područje s najžešćim osporavanjem biotehnološkog rasta. Genetska modifikacija biljaka za postizanje željenih učinaka – poput otpornosti na određenu kemikaliju ili štetnika, ili povećanog prinosa – naširoko se koristi u cijelom svijetu na brojnim usjevima, posebno na osnovnim prehrambenim kulturama kao što su kukuruz, riža i soja. Mnogi zagovornici vjeruju da genetski modificirani organizmi (GMO) imaju potencijal biti mnogo ekološki prihvatljiviji i pomoći u rješavanju prehrambenih kriza diljem svijeta. Protivnici vjeruju da ove transgene usjeve hrane predstavljaju prijetnju bioraznolikosti, a mogu predstavljati i zdravstvene rizike.