Mikromat cDNA metoda je otkrivanja koji su geni u stanici aktivni u bilo kojem trenutku. Ovo je korisno za razlikovanje gena koji različito djeluju u različitim vrstama stanica, a također i koji su geni aktivni u određenim uvjetima, kao što je rak. Naziv cDNA potječe od upotrebe malih sekvenci deoksiribonukleinske kiseline (DNA) koje se lijepe za sekvence ribonukleinske kiseline (RNA) koje stanice eksprimiraju. Ove male DNA sekvence su komplementarne (c) RNA sekvencama, otuda i ljepljivost, a također su obilježene fluorescentnim oznakama, tako da eksperimentator može vidjeti koje su sekvence RNA eksprimirane i u kojoj mjeri.
Stanice sadrže DNK kao nacrt za sve proteine koje stanica treba. Slijed DNK predstavlja aminokiseline koje tijelo treba skupiti i spojiti kako bi stvorilo protein. Između proizvodnje DNK i proteina je međukorak. Stanica kopira sekvencu gena u drugi oblik koji se zove glasnička RNA (mRNA). Zatim, stanični strojevi čitaju mRNA kao upute za željeni protein.
Kako se mRNA za određene gene ne eksprimiraju sve kontinuirano, genetičari mogu pogledati što je izraženo pod određenim uvjetima. Jedan koristan pristup je usporedba tumorskih stanica sa zdravim stanicama i vidjeti koji geni različito izražavaju mRNA u dvije situacije. Ove informacije zatim mogu usmjeriti znanstvenike prema ciljevima za liječenje. Različite vrste stanica također proizvode različite uzorke mRNA, budući da svaka vrsta stanica ima drugačiji posao.
Temelj cDNA mikromreža je da test identificira eksprimiranu mRNA iz uzorka na osjetljivost koja omogućuje eksperimentatoru da shvati koji geni eksprimiraju više od drugih, a koji uopće ne eksprimiraju. Kako cDNA mikroniz obično testira stotine tisuća sekvenci mRNA, to se obično radi strojno. Analitičar ne koristi mRNA koju ekstrahira iz stanice izravno, već radije pravi kopiju te mRNA kao sekvencu DNK.
Komercijalne tvrtke proizvode cDNA mikromrežne ploče za laboratorije. Oni prave DNK sekvence koje odgovaraju stotinama ili tisućama gena koje eksperimentator želi testirati i svakog pojedinačno stavljaju na jedno stakalce mikromreža. Ovo predstavlja sve gene koji bi se eventualno mogli izraziti u toj skupini.
Komplementarne sekvence mRNA koje istraživač ekstrahira iz stanice se zatim izrađuju u laboratoriju kopiranjem RNA u DNK. Ovi proizvodi imaju slijed koji se lijepi za DNK na stakalcu mikromreža koji bi proizveo mRNA. Analitičar zatim pričvršćuje fluorescentne molekule na te cDNA sekvence.
Pokrivanje stakalca mikroniza u cDNA omogućuje da se sve komplementarne sekvence zalijepe zajedno. Stakalca se zatim ispere kako bi se uklonila nevezana cDNA. Skener zatim mjeri količinu fluorescencije, ako postoji, na svakoj pojedinačnoj točki DNK. Geni koji eksprimiraju više mRNA imat će više fluorescentne cDNK vezane za njih od gena koji izražavaju manje mRNA. Na taj način analitičar može shvatiti koji su geni aktivniji od drugih i usporediti rezultate s drugom vrstom stanica.