Godine 1995., kada je Netscape prvi put dizajnirao i implementirao funkciju kolačića u svoj preglednik, nije bilo dostupnih kontrola kolačića. Kolačići su automatski omogućeni prema zadanim postavkama. Skupine za nadzor ubrzo su saznale da se kolačići koriste u invazivne svrhe i pojavio se softver treće strane koji je riješio problem. Unesite sredstvo za čišćenje kolačića.
Prve verzije programa za čišćenje kolačića samo su izbrisale sve kolačiće koji su pronađeni na tvrdom disku pri pokretanju ili naizmjenično pri gašenju. Oni nisu spriječili postavljanje kolačića ili postavljanje na računalo, niti ih je bilo moguće konfigurirati u velikoj mjeri. Funkcionalnost čišćenja kolačića ove vrste ugrađena je u mnoge uslužne programe kao bonus značajka, ali neki su to smatrali nezgodnom jer su korisni kolačići izbrisani zajedno s neželjenim kolačićima.
Ubrzo je čistač kolačića postao više upravitelj kolačića, uključujući veću kontrolu nad kolačićima. Vjerojatno najpopularniji i najopsežniji nagrađivani čistač i upravitelj kolačića bio je Cookie Crusher od The Limit Software. Cookie Crusher nije samo očistio kolačiće, već je bio i prvi program za kolačiće koji je omogućio korisniku da spriječi postavljanje kolačića. Uz ovu generaciju čistača kolačića, korisnici bi mogli stvoriti popis stranica kojima bi trebalo biti dopušteno postavljanje kolačića, čuvajući poželjne kolačiće.
Međutim, pokazalo se da je i to previše općenito, jer su stranice koje su generirale korisne kolačiće također generirale kolačiće za praćenje weba, ponekad od oglašivača trećih strana. Čistač kolačića ponovno je odgovorio na poziv, a Cookie Crusher je prednjačio nudeći ekskluzivnu značajku za pročišćavanje sortiranja kolačića korak dalje. Nudila je sortiranje ne samo prema adresi web stranice, već i prema vrsti kolačića koji je predstavljen na web stranici. Kolačić za registraciju mogao bi se identificirati i poštedjeti, dok bi kolačić za praćenje s iste stranice mogao biti automatski odbijen.
Danas postoji veliki izbor sredstava za čišćenje i upravitelja kolačića. Tijekom godina kontrola kolačića također je ugrađena u preglednike, ali čistač ili upravitelj kolačića treće strane može ponuditi viši stupanj fleksibilnosti i jednostavnosti u kontroli kolačića u hodu ili na zahtjev. Ako želite više kontrole nad kolačićima nego što vaš preglednik pruža, ili poseban program radi dodatne sigurnosti, čistač kolačića i upravitelj će odgovarati vašim svrhama.