Što je Contig?

Kontig, skraćenica za contiguous, odnosi se ili na segment deoksiribonukleinske kiseline (DNA) ili na proizvod preklapajućih segmenata koji tvore kontinuiranu, opsežnu, neprekinutu sekvencu DNA. Proučavanjem mapa ovih segmenata moguće je otkriti redoslijed segmenata koji se sastoje od različitih sekvenci, a kontigi se mogu dodavati, uklanjati ili preuređivati ​​u nove sekvence. Mapiranje i knjižnice DNA kontiga omogućuju istraživačima da identificiraju poravnanja koja bi mogla uzrokovati bolest, pružiti bolje razumijevanje kako stanice reagiraju pod određenim uvjetima i omogućiti mogućnost kloniranja povoljnih karakteristika u živim organizmima.

Genomske kontige su međusobno povezane preklapanjem podudarnih skupova označenih sekvenci ili podudaranjem ekspresiranih oznaka sekvence. Razumijevanjem ovog procesa građevnog bloka koji koriste baze segmenata DNA, kontigi se mogu replicirati ili klonirati u poželjne sekvence, dodajući ili eliminirajući manje povoljne segmente. Istraživači te sekvence promatraju kao karte na vrlo detaljnim, kompjuteriziranim DNK programima. Program pruža vizualni pregled baza koje se koriste za konstruiranje segmenata i segmenata koji se koriste za izgradnju određenih sekvenci. Koristeći različite sheme boja, razni programi contig prikazuju ove informacije kao nizove niske, srednje i visoke kvalitete.

Mapiranje kontiga često baca svjetlo na uzroke genetskih poremećaja. Williamsov sindrom, na primjer, proizvodi višesistemske simptome kod djece, uključujući kardiovaskularne probleme, povišene razine kalcija u krvi i neuspjeh u razvoju. Istraživači su otkrili delecije traka koje utječu na određene gene, što može biti uzrokovano neprikladnim preklapanjem kontiga. Drugi genetski poremećaj djetinjstva, cri-du-chat sindrom, također proizvodi više simptoma, od kojih znanstvenici vjeruju da je svaki u korelaciji s brisanjem i abnormalnim pozicioniranjem.

Istraživači također analiziraju sekvence kontiga u biljnim vrstama. Svaka biljka sadrži sekvence jedinstvene za tu biljku, a dobivanjem karata pojedinih biljnih vrsta znanstvenici otkrivaju slične i različite karakteristike koje mogu doprinijeti zdravlju ili propadanju određene vrste biljke. Analizom kontignih segmenata i sekvenci u organizmima koji nose bolest, liječnici mogu odrediti osobine koje se zatim mogu koristiti u razvoju liječenja. Mapiranje pruža vizualni uvid u moguće genetske manipulacije putem brisanja sekvenci ili kloniranja.

Znanstvenici bi mogli uzgajati klonirane uzorke DNK u bakterijskom umjetnom kromosomu, umjetnom kromosomu kvasca ili u mediju s umjetnim kromosomom P1 ili faga. Ovi kromosomi sadrže od 50 do stotine tisuća baza koje sastavljaju kontig segmente. Nakon razdoblja kolonizacije, uzorci se ekstrahiraju pomoću štrcaljke i stavljaju u gel za sekvenciranje DNA, koji se podvrgava elektroforezi i suši. Autoriograf čita uzorak i uzima otiske prstiju sekvence. Istraživači zatim skeniraju otisak prsta u slikovnu datoteku, koja se kasnije može učitati u program contig.