Crkvena zadužbina financira službu kroz imovinu koja donosi prihode koja se trajno drži. Crkve grade glavnu komponentu zadužbine putem ostavina, darova i donacija. Oni mogu imenovati osoblje za upravljanje ili to mogu ugovoriti s iskusnim investicijskim menadžerom. Kongregacije mogu očekivati odgovornost u obliku periodičnih izvješća o stanju zaklade i načinu na koji se ona koristi, kako bi se osiguralo da se sredstvima odgovorno rukuje.
U tradicionalnoj crkvenoj zadužbini ne može se dirati sve što ulazi u glavnicu, što omogućuje da veličina fonda s vremenom raste. Sva povlačenja potječu od zarade od ulaganja i stoga ne iscrpljuju kapital ili imovinu raspoloživu za investicijsku aktivnost. Fond može biti ograničen za posebne namjene, osobito u slučaju velike ostavine koja se može dati za financiranje aktivnosti poput popravka crkve. U drugim slučajevima, crkveni dužnosnici mogu odlučiti kako će upotrijebiti novac, a mogu imati izjavu o misiji i skup načela za korištenje u donošenju odluka.
Nekoliko pitanja upravljanja može se pojaviti s crkvenim zadužbinama jedinstvenim za ovu vrstu organizacije. Prvi može biti pritisak da se investira na društveno odgovoran način. Crkve možda neće htjeti ulagati u sektore gospodarstva za koje smatraju da su štetni, kao što su proizvođači oružja ili tvrtke poznate po zagađivanju okoliša. Zabrinutost oko dugovječnosti crkve također može biti problem, jer ljudi mogu raspravljati o tome kako treba postupati s zadužbinom ako se crkva raspadne.
Odgovarajuće korištenje sredstava također može biti tema rasprave. Novac iz crkvene zadužbine može platiti osoblje, zamijeniti instrumente i odjeću i financirati aktivnosti kao što su popravci zgrada i kupnja zaliha. Neke crkve koriste svoj novac za sudjelovanje u aktivnostima zajednice i mogle bi ponuditi stipendije, pomoć u hrani i druge pogodnosti članovima skupštine ili šire zajednice. Korištenje crkvenih zaklada može ovisiti o veličini fonda, jer crkve žele biti sigurne da imaju prihod na raspolaganju kada im je potreban za hitne slučajeve.
Prema poreznim zakonima, crkve mogu imati poseban tretman zbog svojih neprofitnih i vjerskih misija. Kako bi izbjegla kršenje propisa, crkva može surađivati s računovođom i odvjetnikom kako bi osnovala crkvenu zadužbinu i upravljala njome na odgovarajući način. Na primjer, crkvama može biti zabranjeno davati političke priloge, pa stoga moraju biti sigurni da dokumentiraju izdatke kako bi pokazali da prihod od zadužbine nije korišten za financiranje kampanje.