Metanski digestor je poznatiji kao anaerobni digestor jer razgrađuje organski otpad ograničavajući unos kisika i proizvodi plin metan kao nusproizvod. Anaerobna razgradnja organske tvari kao što su životinjski izmet, otpadna hrana i biljna tvar prirodni je proces koji proizvodi plin metan, ali, kada se dogodi u digestoru metana, plin se može prikupiti i koristiti kao gorivo. Velike poljoprivredne djelatnosti i postrojenja za obradu otpada često recikliraju životinjski otpad i kanalizaciju u digestor metana i koriste plin, koji je sličan prirodnom plinu, za grijanje i proizvodnju električne energije.
Anaerobna razgradnja se odvija u dvije faze. U prvom, složene organske molekule u otpadu razgrađuju kiseli mikrobi na peptide, alkohol i jednostavne šećere. Te molekule zatim ponovno razgrađuje drugi skup mikroba. Kao nusprodukt, proces proizvodi plinove, uključujući metan, vodik i ugljični dioksid, te krute tvari s visokim udjelom dušika. Ovaj se proces razlikuje od aerobne razgradnje, odnosno razgradnje u prisutnosti kisika, koji proizvodi uglavnom ugljični dioksid i amonijak kao nusproizvode. Osim toga, također reducira sirovinu u tvar s nižim sadržajem dušika i koja se može koristiti kao gnojivo.
Konstrukcija digestora metana uključuje nepropusni spremnik s priključkom za uvođenje otpadnih tvari i cijev za prikupljanje plina. Probava se najbolje odvija na temperaturama u rasponu od 32°C do 35°C (89°F do 95°F) i naglo će pasti ako temperatura padne ispod 16°C (61°F). Omjer krutih tvari i vode trebao bi biti oko 8%, što znači da se životinjski otpad treba pomiješati s jednakom količinom vode. Dok će digestor metana dobro funkcionirati samo sa životinjskim otpadom, njegova se učinkovitost može poboljšati dodavanjem biljne tvari.
Dvostruke prednosti goriva za električnu i toplinsku energiju te smanjenje otpada u mulj bez mirisa koji se može reciklirati čine digestor metana isplativom i ekološki prihvatljivom opcijom za obradu otpada. Veliki digestor može se konstruirati kao natkrivena laguna s razdjelnicima za prikupljanje plina, dok se manji može sastojati od spremnika koji može ili sjediti na tlu ili biti zakopan. Tank digestori se mogu zagrijavati, što ih čini boljim kandidatima za hladnije klime. Iako digestor metana smanjuje otpad u materijal bez mirisa, proces nije bez mirisa. Štoviše, digestori ispuštaju štetne plinove poput ugljičnog monoksida, sumpornih oksida i amonijaka, tako da neposredno područje oko velikog digestora nije idealna stambena zona.