Unutar probavnog sustava postoji mnogo različitih enzima koji razgrađuju molekule hrane. Svaki od ovih enzima ima drugačiju ulogu, a neki djeluju samo u određenom organu pod određenim uvjetima. Većina probave odvija se unutar tankog crijeva uz pomoć velikog broja različitih enzima. Probava bjelančevina primjer je složenog procesa koji se u različitim organima provode različitim skupinama enzima. Egzopeptidaze su jedna skupina enzima uključenih u potpunu probavu proteina.
Probava proteinske molekule vrlo je specifična, jer uključeni enzimi razbijaju samo veze uz određene aminokiseline koje se nalaze unutar peptidnog lanca. Kada se formira peptidna veza, ona je uvijek između amino kraja jedne aminokiseline i karboksilnog kraja druge. Kada se aminokiselinska sekvenca daje za određeni peptidni lanac ili protein, obično se čita od amino kraja, N terminala, do posljednje aminokiseline, koja ima slobodni karboksil, ili C terminala. U početku, iako se protein razgrađuje, proizvodi se vrlo malo aminokiselina.
Proteini su velike molekule i njihova probava ima nekoliko koraka, počevši u želucu pepsinom, jednom od tri endopeptidaze. Nakon što se djelomično probavljeni proteini presele iz želuca u tanko crijevo, druge dvije endopeptidaze, tripsin i kimotripsin, nastavljaju razgrađivati proteine. Ova tri enzima dijele duge peptidne niti koje čine protein na različite duljine. Endopeptidaze su tako nazvane jer razgrađuju peptidne veze koje se nalaze unutar proteina.
Za završetak probavnog procesa za proizvodnju jedne aminokiseline iz proteinskog lanca potrebna je egzopeptidaza. Svaka egzopeptidaza prekida vezu između krajnje aminokiseline i ostatka lanca. Postoji nekoliko različitih egzopeptidaza, od kojih svaka ima vrlo specifičan način djelovanja. Gdje je aminokiselina spojena s ostatkom peptidnog lanca i koje su aminokiseline spojene zajedno igra ulogu u određivanju koja će egzopeptidaza prekinuti vezu.
Karboksipeptidaza je egzopeptidaza koja prekida vezu između posljednje i posljednje aminokiseline na C terminalnom kraju. Druga egzopeptidaza, aminopeptidaza, provodi isto djelovanje, ali na N terminalnom kraju. Druge egzopeptidaze, zvane dipeptidaze, razgrađuju određene parove aminokiselina. Na primjer, jedna dipeptidaza će samo prekinuti vezu između glicina povezanog s leucinom. Druga dipeptidaza će djelovati samo na peptidnu vezu između dvije glicinske aminokiseline povezane zajedno.