Biomasa etanola je organski materijal koji je prikladan za proizvodnju etanola. Kukuruz je značajan i široko korišten primjer ovoga, ali drugi izvori mogu uključivati alge, travu i druge celulozne usjeve. Izvor biomase je zabrinutost za neke proizvođače etanola, jer im je potreban pristup materijalima koji su energetski gusti i koji se mogu učinkovito pretvoriti u etanol. U nekim je krugovima izvor biomase predmet spornih rasprava.
Pojam “biomasa” općenito se odnosi na organski materijal, klasično otpadni materijal koji se ne može jesti ili koristiti u industrijskim procesima. Pojam se također koristi u ekologiji da se govori o ukupnom biljnom materijalu na određenom području, pri čemu je biomasa zabrinuta kao i biološka raznolikost. Biomasa etanola se zapravo može koristiti u industrijskim procesima, a neki izvori biomase zapravo su i izvori hrane.
Da bi se proizveo etanol, biomasa se mora pretvoriti tako da je njena energija dostupna u obliku goriva koje ljudi mogu koristiti. Proizvodnja etanola oslanja se na korištenje biomase etanola koja zahtijeva manje energije za rast i pretvorbu nego što proizvodi. Inače, proces bi bio neučinkovit, što bi etanol činilo lošim izborom alternativnog goriva. Usjevi kao što je trava su dobri kandidati jer zahtijevaju daleko manje energije za rast, a tehnologija za rafiniranje biomase etanola kako bi se pretvorila u etanol stalno se poboljšava, povećavajući učinkovitost s kojom se etanol može ekstrahirati.
Neki ljudi sugeriraju da tretiranjem jestivih prehrambenih usjeva poput kukuruza kao biomase etanola, industrija etanola može potencijalno ugroziti stabilnost opskrbe hranom, budući da bi farmeri mogli biti skloniji saditi prehrambene usjeve za upotrebu u proizvodnji etanola. Neprehrambeni usjevi koji se koriste kao biomasa etanola također bi teoretski mogli zamijeniti prehrambene usjeve, smanjujući dostupnu hranu na tržištu. Međutim, zagovornici etanola vjeruju da se takve neravnoteže mogu izbjeći promišljenim upravljanjem zemljištem i da proizvodnja biomase etanola ne mora utjecati na proizvodnju hrane.
Sekundarni problem s energijom etanola je to što mnoge vlade snažno subvencioniraju proizvodnju biomase etanola. Kritičari sugeriraju da su subvencije poduprle umjetno tržište i da bi ukidanje subvencija omogućilo ljudima da vide postoji li stvarno tržište za etanol. Zagovornici ističu da su slične subvencije na snazi za mnoge usjeve i industrije, te da su ponekad potrebne subvencije kako bi se podržala industrija u nastajanju dok ne postigne neovisnost. Prema ovoj teoriji, potreba za subvencijama postupno bi opadala kako se povećavala proizvodnja etanola i potražnja za etanolom.