Fluorofor je dio molekule odgovoran za stvaranje fluorescentne emisije u spektru vidljive svjetlosti. Poznati kao kromofori, različite valne duljine svjetlosti apsorbiraju fluorofori, stvarajući vidljivo svjetlo. Ovo je u biti područje u kojem se nalaze orbite elektrona dviju različitih molekula. Svjetlost utječe na ovo područje i pobuđuje elektrone da stvore svjetlost. U slučaju fluorofora, to uzrokuje stimulaciju manje energetske valne duljine.
Fotone apsorbira spektar fluorofora, ali umjesto stvaranja veće stope uzbuđenja unutar elektrona, on proizvodi nižu brzinu. To uzrokuje svijetle slike koje se obično povezuju s fluorescencijom. U osnovi, što je svjetlija ekspozicija svjetlija, to se manje fluorescencije vidi. To je razlog što se mnoge fluorescentne boje najbolje vide u izvorima svjetlosti kao što su crna svjetla.
Fluorofori mogu postojati prirodno ili se unose umjetnim metodama. Mnoge ribe i kamenje održavaju prirodnu razinu ovog kromofora. Međutim, najrašireniji je u znanstvenoj zajednici kada se koristi za istraživanja. Pomaže u analizi određenih svojstava materijala, omogućujući istraživačima da identificiraju reakcije i promjene u područjima biokemije i proučavanja proteina. Na primjer, disciplina imunofluorescencije koristi tehniku kako bi pomogla u označavanju antigena i antitijela na substaničnoj razini.
Najčešće korišteni fluorofor u istraživanju je fluorescein izotiocijanat, tvar koja se može kemijski vezati za molekule. To znanstvenicima daje način da vizualiziraju promjene u nefluorescentnim tvarima. Drugi primjeri uključuju kumarin, cijanin i rodamin. Određene tvari koje koriste fluorescenciju mogu imati štetne učinke na istraživanje, zbog promjena u pH razinama. Kako istraživanje napreduje, razvijaju se nove boje, svaka s različitim primjenama, što omogućuje manje nametljive promjene na molekulama.
Osim čiste znanosti, modifikacija fluorofora postala je popularan način plasiranja proizvoda potrošačima. Jedan primarni primjer toga je GloFish™, genetski modificirana zebrafish dostupna za kupnju u crvenoj, zelenoj ili narančastoj fluorescentnoj boji. Godine 1999. znanstvenici s Nacionalnog sveučilišta u Singapuru pokušali su stvoriti ribu koja bi mogla otkriti zagađenje. Spajanjem zelenog fluorescentnog proteina meduze s zebricom, životinja je pokazala jaku fluorescenciju, posebno pod crnim svjetlima. Ubrzo je otkriveno da se dodatni atributi iz drugih izvora, poput morskih koralja, mogu koristiti za stvaranje novih boja, otvarajući put živim fluorescentnim životinjama da se prodaju kao kućni ljubimci.