Gen za otpornost na kanamicin (nptII ili nptIII) je niz DNK koji omogućuje organizmu da proizvodi protein, dajući otpornost na uobičajeni antibiotik kanamicin. Ovaj gen se često koristi kao selektivni marker za egzogene plazmide — plazmide koji se ne pojavljuju u prirodi — u organizmima kao što su bakterije ili kvasac. Ovo sredstvo za selekciju također se koristi u biljkama. Znanstvenici koji proučavaju genetiku ili proteomiku mogu odabrati kolonije bakterija koje uključuju umetnuti gen od interesa na temelju primjene kanamicina. Kanamicin će ubiti svaku staničnu koloniju koja ne uključuje stanice koje transkribiraju i prevode povezani gen otpornosti.
Gen za otpornost na kanamicin ima prirodno podrijetlo i nalazi se u Streptomyces kanamyceticus, bakteriji koja je u stanju proizvesti enzim koji razgrađuje kanamicin antibiotik prije nego što antibiotik uništi bakteriju. Svaka stanica koja može pročitati ovaj gen i transkribirati rezultirajući enzim imat će otpornost na kanamicin. Ovaj gen je izoliran iz otpornog bakterijskog soja i kopiran u druge plazmide. Korištenjem enzima znanstvenici mogu dizajnirati plazmide koji uključuju otpornost na selekcijska sredstva kao što je kanamicin.
Postoje mnogi putevi kojima rezistencija na aminoglikozide, kao što je kanamicin, djeluje. Genetska rezistencija na kanamicin može biti posljedica smanjene propusnosti stanica ili stanične inaktivacije enzima kanamicina. Također je moguće da stanica pokaže otpornost na kanamicin kromosomskom promjenom koja dovodi do promjene ribosoma te stanice. Ova zadnja rezistencija, međutim, nije toliko korisna za genetičare kao drugi putevi, jer se oslanja na kromosomsku DNK, a ne na dizajnirane plazmide. Drugim riječima, ovaj otpor je prirodan i ne može se umetnuti.
Gen za rezistenciju na kanamicin ima određeno ukrštanje otpornosti na druge antibiotike i selekcijske agense kao što su gentamicin i neomicin. Ova osobina čini gen otpornosti na kanamicin manje korisnim jer sredstva široke selekcije sprječavaju specifičnu selekciju bakterijskih sojeva. Drugim riječima, ako je znanstvenik želio proučavati interakciju dvaju plazmida, ubacujući ih oba u jednostanični organizam kao što je kvasac, znanstvenik ne bi mogao koristiti otpornost na neomicin ili gentamicin kao selekcijski marker ako se već oslanja na otpornost na kanamicin na.
Otpornost na kanamicin obično se koristi u laboratorijima i postala je uobičajeno selekcijsko sredstvo za korištenje u genetski modificiranim organizmima. Kao jedan od najčešćih antibiotika, pretpostavlja se da kanamicin postoji u izobilju. Posljedično, postoji nekoliko ograničenja za korištenje kanamicina u transgenici biljaka i genetskim modifikacijama biljaka za veliku industrijsku poljoprivrednu proizvodnju.