Genitalna rekonstruktivna kirurgija obično se odnosi na operaciju za ispravljanje urođenih mana ili malformacija u području genitalija uzrokovanih traumom ili bolešću. Ova vrsta kirurškog zahvata može se nazvati i interspolnom operacijom, osmišljenom za ispravljanje nedostataka u dojenčadi rođene s dvosmislenim vanjskim spolnim organima. Operacija promjene spola predstavlja još jedan oblik genitalne rekonstruktivne kirurgije koju biraju transrodne ili transseksualne osobe. Genitalna rekonstruktivna kirurgija može se tražiti iz kozmetičkih razloga, dok druge operacije mogu omogućiti normalno spolno funkcioniranje.
Interspolna rekonstruktivna kirurgija genitalija može se izvesti na dojenčadi, djeci ili odraslima rođenim s urođenim manama. U žena, operacija može smanjiti veličinu klitorisa, stvoriti otvor za menstruaciju i ukloniti testise. Operacije na dječacima mogu liječiti nespuštene testise i otvoriti put u penisu za mokrenje. Ove operacije obično imaju za cilj da genitalije izgledaju normalno kod djeteta rođenog sa spolnim organima koji se ne razvijaju kao isključivo muški ili ženski.
Transseksualna genitalna rekonstruktivna kirurgija mogla bi promijeniti izgled spolnih organa iz ženskih u muške. Penilni implantati i stvaranje skrotuma od tkiva uzetog s drugih dijelova tijela predstavljaju dva uobičajena postupka. Umetanje fiziološke otopine ili gela u novi skrotum obično se javlja u rekonstruktivnoj kirurgiji genitalija od žene do muškarca. Ove operacije mogu uključivati stvaranje penisa od tkiva uzetog iz usta ili vagine. Implantirana šipka ili uređaj za pumpu može omogućiti erekciju ako mikrokirurgija uspješno ponovno poveže krvne žile i živce.
Genitalna rekonstruktivna kirurgija promjene spola za muškarce može uključivati korištenje dijela penisa koji sadrži živčane završetke za stvaranje klitorisa. To bi moglo omogućiti transseksualcu od muškarca do žene da zadrži osjećaj i sposobnost postizanja orgazma. Kirurgija također može uključivati korištenje tkiva iz penisa ili skrotuma za stvaranje vagine. Kada ovo tkivo nije prikladno, dio debelog crijeva može se koristiti za oblikovanje vagine. Transplantirano tkivo također može poslužiti kao unutarnje i vanjske vaginalne usne.
Genitalna rekonstruktivna kirurgija također se može tražiti iz čisto kozmetičkih razloga. Neki muškarci se rađaju s otvorom za mokraću na donjoj strani penisa ili penisom koji se savija. Pretili muškarci mogu primijetiti da im se penis ne vidi jer su okruženi masnoćom. Operacije za ispravljanje ovih nedostataka obično izvodi plastični kirurg.
Žena bi možda željela operaciju zatezanja vagine istegnute porodom. Drugi rekonstruktivni zahvati mogu smanjiti veličinu stidne regije, operacija koja se naziva labioplastika, kada uzrokuje neugledno izbočenje kroz odjeću. Višak masnoće se također može ukloniti liposukcijom.