Genska terapija zametne linije je oblik liječenja bolesti gdje se genetske promjene vrše u zametnoj liniji, ili u predembrionalnom stadiju, na spermij ili jajne stanice. Ovo je suprotno tradicionalnom somatskom pristupu, gdje se pokušaj liječenja bolesti vrši na genetskoj razini u potpuno zrelim organizmima. Iako je genska terapija zametnom linijom učinkovitiji tretman, ona sa sobom nosi niz kontroverznih etičkih i društvenih problema.
Somatska genska terapija prakticira se od ranih 1990-ih s vrlo ograničenom učinkovitošću. U somatskoj genskoj terapiji, neispravni geni se zamjenjuju ili genetski poboljšavaju u bolesnika s ciljem liječenja ciljanog gena. Ovi tretmani su se često pokazali neučinkovitima ili privremenim. Temeljna prednost genske terapije zametne linije je da se genetska promjena prenosi u embrij kao stalni i prirodni dio razvoja. Takve genetske promjene su nepovratne, a potom ih subjekt može prenijeti na svoje potomstvo.
Oba oblika genske terapije općenito koriste istu dokazanu metodu, ili vektor, za umetanje novih genetskih uputa u stanice. Virusi, inače bezopasni za tijelo, koriste se kao transportni mehanizmi. Dio njihove genetske strukture se mijenja kako bi nosio željeni gen, a zatim se ubacuju u domaćina, gdje integriraju svoju DNK u staničnu strukturu DNK stanica domaćina. Oni se razmnožavaju zajedno sa stanicama domaćina, čime se promijenjeni gen širi po cijelom tijelu.
Ono gdje somatski tretmani ne uspijevaju je način na koji tijelo usvaja ovaj novi genetski materijal. Često postoje imunološki odgovori, nuspojave od prisutnosti virusa i oštećenja stanice koja mogu dovesti do mutacije i raka. Također, mnoge bolesti često su rezultat nekoliko genetskih slabosti koje se ne mogu liječiti ispravljanjem samo jednog gena. Genska terapija zametne linije zaobilazi većinu ovih problema dok stvara nove vlastite.
Uspješno liječenje genskom terapijom zametne linije vjerojatno uopće neće imati imunološki odgovor. Također, lakše je napraviti promjene na spermiju ili jajnim stanicama nego pokušati liječiti složeni i utvrđeni genetski poremećaj kod odrasle osobe. Nasuprot tome, genska terapija zametne linije, ako je manjkava, može biti mnogo štetnija za embrij od odrasle osobe, što rezultira deformitetom ili smrću.
Etička pitanja također se javljaju tamo gdje postaje moguće koristiti gensku terapiju zametne linije za promjenu temeljnih karakteristika pojedinca. Takve promjene se mogu pojaviti u spolu, visini, inteligenciji, boji kože i tako dalje. U većim razmjerima, ovo bi moglo postati eugenički program, manipulirajući cijelom populacijom kako bi se iskorijenile nepoželjne osobine.