Glavna endokrina žlijezda je još jedan način upućivanja na sićušnu hipofizu na dnu lubanje, gdje se susreće s kralježnicom. Od osam tjelesnih vrsta žlijezda koje proizvode hormone, ova endokrina žlijezda dobiva svoje narudžbe izravno iz središnje smještenog hipotalamusa mozga. Kada hipofiza primi ove hormonske izlučevine iz hipotalamusa, ona zauzvrat sama oslobađa bilo koji broj hormona kako bi kontrolirala druge žlijezde i njihove raspršene izlučevine po tijelu.
Prva riječ u glavnoj endokrinoj žlijezdi mogla bi biti velika zabluda. Zapravo je hipotalamus glavna endorfinska žlijezda, budući da ona također luči hormonske signale koji vode kroz ono što se naziva hipofizna portalna arterija do hipofize, koja proizvodi ono što joj je kemijski rečeno da napravi za druge žlijezde. Nadalje, hipotalamus luči još jedan hormonski spoj – somatostatin, koji uzrokuje da hipofiza obustavi proizvodnju ljudskog hormona rasta.
Glavna endokrina žlijezda koja je izravno povezana s hipotalamusom izgrađena je od tri različite tvornice, zvane režnjevi, koji proizvode različite hormone. Stražnji režanj proizvodi oksitocin za poticanje rađanja i antidiuretski hormon za povećanje vode u krvotoku. Hormon za regulaciju tonusa kože i pigmenta proizvodi srednji režanj hipofize. Većina posla ipak pada na prednji režanj: prolaktin za početak laktacije, hormon rasta i drugi spojevi koji stimuliraju epifizu, andrenalnu, štitnjaču, paratireoidnu i reproduktivnu žlijezdu.
Sve u svemu, signalni hormoni se šalju iz glavne endokrine žlijezde kako bi pokrenuli različite aktivnosti potrebne za život. Hormoni koji se šalju u jajnike ili testise, na primjer, pokreću proizvodnju estrogena, progesterona i drugih izlučevina za razvoj i reprodukciju žena, kao i testosterona i drugih androgena odgovornih za reprodukciju muškaraca. Na sličan način, kako bi kontrolirala štitnjaču u vratu, glavna endokrina žlijezda prima hormon koji oslobađa tireotropin iz hipotalamusa, zatim proizvodi i šalje hormonsku poruku štitnjači. Ta se žlijezda tada pokreće kako bi hormoni štitnjače bili odgovorni za nekoliko ključnih tjelesnih funkcija, od regulacije krvi i srca do održavanja mišića i probave hrane.
Iako tehnički nije žlijezda, gušterača iza želuca ima neke važne funkcije žlijezda. Jedan od dva dijela ovog organa stvara hormone. Endokrini pankreas proizvodi hormone poput inzulina, koji održava odgovarajuću razinu šećera u krvi u tijelu. Drugi dio, nazvan egzokrini pankreas, čini enzime ključnim za zdravu probavu.