Ljudski probavni trakt počinje u ustima i proteže se do anusa. Crijevna flora odnosi se na mikroorganizme koji žive u probavnom traktu. Ovi mikroorganizmi su općenito bezopasni. Njihova distribucija varira duž mjesta crijeva i među pojedincima. Oni igraju važnu ulogu u zaštitnom, strukturnom i metaboličkom funkcioniranju crijeva.
Bakterije su dominantni mikroorganizmi u crijevima. Oni dominiraju i jejunumom i ileumom distalnog tankog crijeva, kao i debelim crijevom. Kiseli, pankreasni i žučni sekreti sprječavaju njihovu kolonizaciju želuca i duodenuma proksimalnog tankog crijeva. Aerobne bakterije, kao što su aerobni laktobacili i enterokoki, dominantna su crijevna flora u jejunumu, a u ileumu i debelom crijevu dominiraju anaerobne bakterije kao što su bifidobakterije, Escherichia coli i anaerobni laktobacili. U crijevima odrasle osobe može doći do nekih promjena u populaciji bakterija kada dođe do promjena u dobi, prehrani, načinu života i okolišu.
U normalnim uvjetima, ljudski domaćin i njegova crijevna flora imaju simbiotski odnos u kojem su oboje korisni jedno za drugo. Ljudski domaćin osigurava hranu i stabilno okruženje za crijevnu floru. U međuvremenu, crijevna flora pruža dobrobiti svom ljudskom domaćinu sprječavajući kolonizaciju štetnih bakterija u crijevima, sprječavajući crijevnu upalu, doprinoseći razvoju imunološkog sustava, poboljšavajući apsorpciju hrane i vode te sintetizirajući vitamine K i B12.
Rast štetnih bakterija spriječen je djelovanjem barijere, što znači da se prianjanje crijevne flore na crijevnu sluznicu natječe i inhibira invaziju štetnih bakterija. Njegova uloga u sprječavanju crijevne upale i doprinosu razvoju imunološkog sustava pripisuje se sposobnosti crijevne flore da stimulira limfoidna tkiva u crijevima da proizvode antitijela na štetne bakterije. Rast limfnog tkiva također može biti uzrokovan djelovanjem kratkolančanih masnih kiselina, koje su produkt fermentacije ugljikohidrata od strane bakterija. Osim toga, kratkolančane masne kiseline kontroliraju proliferaciju i diferencijaciju stanica koje oblažu crijeva koje pomažu u sprječavanju ozljeda crijevne sluznice.
Osim fermentacije ugljikohidrata, enzimi koje proizvodi crijevna flora također pospješuju apsorpciju ugljikohidrata. Ovi enzimi probavljaju ugljikohidrate u oblik korisne energije i hranjivih tvari za ljude. Osim toga, poboljšava se i apsorpcija vode i prehrambenih minerala poput željeza, kalcija i magnezija, koji su također bitni u metaboličkim funkcijama ljudskog tijela.