Heterodoksna ekonomija uključuje metode i teorije izvan mainstream ekonomije. To je krovni pojam koji povezuje različite škole ekonomske misli, od kojih se mnoge slabo slažu jedna s drugom. Jedna je uobičajena kritika, međutim, da je neoklasična sinteza – kombinacija prethodnih ekonomskih teorija – sama po sebi netočna. Druga heterodoksna kritika je metodologija koju koriste drugi ekonomisti. Mnogi heterodoksni ekonomisti odbacuju teoriju racionalnog izbora, pretpostavku da će individualni izbori odražavati racionalne odluke.
Pojam heterodoks povezuje hetero “drugačije” i –dox od ortodoksnih. Doslovno, heterodoksna ekonomija znači “različito od ortodoksne ekonomije”. Heterodoksni ekonomisti se ne slažu s jednim ili više središnjih nositelja glavne ekonomske misli.
Mainstream ekonomija, ekonomija koju prihvaća većina ekonomista, kombinacija je prethodnih ekonomskih teorija. Neoklasična ekonomija fokusira se na slobodna tržišta koja će postići učinkovitost kroz ponudu i potražnju. Keynezijanska ekonomija, nazvana po britanskom ekonomistu Johnu Maynardu Keynesu, smatra da je za ekonomsku učinkovitost neophodna značajna državna intervencija. Moderna mainstream ekonomija uvelike je kombinacija elemenata iz ove dvije teorije.
Mješavina neoklasične i kejnzijanske ekonomije nazvana je neoklasičnom sintezom. Konkretno, neoklasične teorije primjenjuju se uglavnom na mikroekonomiju, proučavanje pojedinačnih odluka u gospodarstvu. Keynezijanska se ekonomija, s druge strane, uglavnom primjenjuje na makroekonomiju, proučavanje gospodarstva u cjelini. Mnogi teoretičari u školi heterodoksne ekonomije odbacuju dio ili cijelu neoklasičnu sintezu. Tvrde da postavlja ograničenja za potpunije razumijevanje ekonomske aktivnosti.
Mnogi heterodoksni ekonomisti kritiziraju metodologiju mainstream ekonomije. U pitanju može biti definicija i opseg same ekonomije. Ekonomiju je inherentno teško povući crtu jer je toliko međusobno povezana s drugim psihološkim i društvenim fenomenima. Još jedan uobičajen predmet u heterodoksnoj ekonomiji je granica između eksperimentalnog i teorijskog pristupa. Drugim riječima, ekonomisti se ne slažu oko toga koje se pretpostavke o individualnom ponašanju mogu napraviti bez prethodnog prikupljanja potkrepljujućih dokaza.
Zapravo, mainstream ekonomija općenito pretpostavlja da će se ljudi ponašati kao racionalni agenti. To znači da će imati tendenciju djelovati na način koji će povećati njihovo materijalno stanje i dobrobit. Pitanje je, međutim, kako definirati pojam kao što je “dobrobit” i ponašaju li se ljudi zapravo cijelo vrijeme na naizgled racionalan način. Neke škole heterodoksne ekonomije osporavaju pretpostavku da ljudi općenito donose racionalne odluke. Umjesto toga, izbore ljudi često mijenjaju ograničene informacije kako bi se natjerali da se ponašaju na naizgled iracionalan način.