Čimbenici koji ulaze u odabir partnera često su misterij, čak i za one koji biraju. Mnogi temeljni procesi u mozgu kombiniraju se kako bi stvorili osjećaj privlačnosti. Većina ih je usmjerena na proizvodnju održivog potomstva s najboljim mogućim izgledima za preživljavanje. Jedan važan čimbenik preživljavanja je snažan imunološki sustav, koji dolazi od različitih imunoloških sustava roditelja koji se kombiniraju kako bi stvorili sveobuhvatniji obrambeni sustav. Histokompatibilnost je mjera koliko su slični geni koji upravljaju imunološkim sustavom među pojedincima.
Geni koji su relevantni za histokompatibilnost su oni koji prepoznaju strane agense koji napadaju tijelo i pokreću imunološki odgovor u borbi protiv njih. Ovi geni tvore haplotip, ili skupinu gena koncentriranih na jedno područje kromosoma, nazvano glavni kompleks histokompatibilnosti ili MHC. Ponekad se MHC geni rekombiniraju, ali općenito se haplotip prenosi netaknut s roditelja na potomstvo. Kod ljudi, MHC se također naziva antigeni humanih leukocita ili HLA.
MHC geni su kodominantni, tako da potomci izražavaju sve gene koje nasljeđuju s obje strane. To znači da ako roditelji imaju različite MHC gene, potomci će moći prepoznati skup svih stranih materijala koje bi njihova majka i otac mogli prepoznati. Kako bi se osiguralo da potomci imaju najbolju moguću obranu od bolesti, potencijalni roditelj bi trebao potražiti partnera s drugim MHC-om.
Zadatak odabira partnera na temelju genetskog sastava MHC-a pada na ženke, koje su općenito diskriminatornije u odabiru partnera. Koriste svoj njuh kako bi pronašli parove koji imaju različite MHC. Istraživanja su pokazala da je ženama privlačniji miris majica koje pripadaju muškarcima s MHC-ovima koji se razlikuju od njihovih. Ova metoda odabira je podsvjesna; ponekad žene ne percipiraju miris, ali ipak osjećaju privlačnost nakon što njuše košulju.
Medicinska tehnologija ponekad ometa te percepcije. Na primjer, žene koje uzimaju kontracepcijske pilule mijenjaju razinu hormona. Njihova su tijela hormonski trudna i u tom stanju je poriv za odabirom partnera prigušen. Osjetilo mirisa koje im je pomoglo da pronađu genetski prikladne parove više ne funkcionira.
U odabiru partnera, posjedovanje različitih MHC gena stavlja kandidata u prednost. Visok stupanj histokompatibilnosti, ili slični MHC geni, vitalni su u drugim situacijama. Na primjer, visoka histokompatibilnost između darivatelja i domaćina ključ je za izbjegavanje odbacivanja organa nakon transplantacije.