Imunomodulacijska terapija sastoji se od niza od tri vrste liječenja bolesti koje muče ljudski imunološki sustav, a češće se naziva samo imunoterapijom. Tri vrste strategija imunomodulatorne terapije uključuju korištenje imunosupresivnih lijekova kako bi se smanjilo prirodno djelovanje imunološkog sustava ili korištenje imunostimulacijskih lijekova kako bi se pojačao njegov odgovor, te korištenje tolerogena koji uvjetuju imunološki sustav da tolerira tkivo kao što je to presađenih organa. Svaka klasa tretmana namijenjena je specifičnim problemima imunološkog sustava. Imunosupresivni lijekovi i tolerogeni zajedno se koriste za liječenje autoimunih bolesti poput multiple skleroze (MS) i transplantacije organa gdje tijelo napada vlastito tkivo. Imunostimulansi se daju za jačanje imunološkog sustava u slučajevima kada je oslabljen, kao što su rak, AIDS i druge po život opasne infekcije.
U slučajevima kada se imunomodulatorna terapija koristi u imunosupresivnoj ulozi, sama terapija može djelovati donekle u mraku. Kod multiple skleroze još uvijek se malo razumije o patogenezi ili početku i razvoju bolesti tijekom vremena. Uloga same imunomodulatorne terapije u ublažavanju nekih patnji od takvog stanja također je slabo shvaćena, no liječenje je od 2004. godine jedina dostupna metoda za pomoć pacijentima s MS-om. Zbog prednosti koje nudi kronično bolesni pacijenti, imunomodulatorna terapija koja se sastoji od četiri imunomodulatorna lijeka i jednog imunosupresivnog lijeka daje se pacijentima u SAD-u od 1993. Liječenje je odobrila Američka uprava za hranu i lijekove (FDA), iako je potpuno razumijevanje njihovog djelovanja nejasno .
I kod imunostimulativnih i imunosupresivnih tretmana, pretpostavka je da će široki učinci na imunološki sustav općenito imati općenito korisne rezultate u liječenju bilo kojeg stanja. Ideja je da takvi lijekovi za imunomodulatornu terapiju nespecifično stimuliraju djelovanje ljudskog imunološkog sustava iako liječnici i istraživači nisu bili u mogućnosti pratiti izravne uzročno-posljedične rezultate tretmana od 2011. Potpora za nastavak takvih tretmana do danas je bila u potpunosti temeljeno na empirijskim dokazima ili dokazima o iskustvu i opažanjima na terenu od strane medicinskih stručnjaka bez temeljitih znanstvenih podataka i teorija koje bi poduprle svoje pretpostavke.
Zbog ovog empirijskog pristupa s imunomodulatornom terapijom, u medicinskom području bilo je kontroverzi o tome jesu li takvi pristupi uistinu opravdani. To je osobito istinito u slučaju liječenja infekcija s kućnim ljubimcima, kao što su rekurentne kožne bolesti, gdje se propisuju imunostimulirajući lijekovi. Takva stanja mogu imati temeljne uzroke koji se ne temelje na neispravnom funkcioniranju imunološkog sustava. Ako se liječenje prekine, stanje se može vratiti, pa će se ciklus morati ponovno nastaviti, jer uopće nije uzrokovan imunodeficijencijom.